Snakemake conda env 路径和 Homer annotatePeaks.pl
Snakemake conda env path and Homer annotatePeaks.pl
我想使用我自己定义的 yaml 环境中的 HOMER annotatePeaks.pl (http://homer.ucsd.edu/homer/ngs/annotation.html)。
我需要获取此 Perl 脚本：
perl /home/rj/miniconda3/envs/metylace/share/homer/.//configureHomer.pl -install hg19
我的 miniconda3 路径将是 conda env 路径。
可能吗？
有没有办法匹配当前规则和conda env hash？
长话短说：
有一个包装器，但我对其他方式很好奇。
包装器使用选项来指定 fasta 文件，但 HOMER 能够自行下载引用。
但是，在此之前我调用了一个 perl 脚本并下载了它。但是这个 Perl 脚本位于 conda env 路径中的某个地方，并且 conda 不使用名称，而是使用哈希。
怎么做？
由于Snakemake会激活环境，所以应该可以使用CONDA_PREFIX环境变量来定位目录。另一个问题是 share/homer/ 目录似乎是特定于版本的。例如，我看到 share/homer-4.11-0。只要只有一个——我认为这是一个合理的假设——你应该能够逃脱：
perl $CONDA_PREFIX/share/homer*/configureHomer.pl -install hg19
我想使用我自己定义的 yaml 环境中的 HOMER annotatePeaks.pl (http://homer.ucsd.edu/homer/ngs/annotation.html)。 我需要获取此 Perl 脚本：
perl /home/rj/miniconda3/envs/metylace/share/homer/.//configureHomer.pl -install hg19
我的 miniconda3 路径将是 conda env 路径。 可能吗？ 有没有办法匹配当前规则和conda env hash？
长话短说： 有一个包装器，但我对其他方式很好奇。 包装器使用选项来指定 fasta 文件，但 HOMER 能够自行下载引用。 但是，在此之前我调用了一个 perl 脚本并下载了它。但是这个 Perl 脚本位于 conda env 路径中的某个地方，并且 conda 不使用名称，而是使用哈希。 怎么做？
由于Snakemake会激活环境，所以应该可以使用CONDA_PREFIX环境变量来定位目录。另一个问题是 share/homer/ 目录似乎是特定于版本的。例如，我看到 share/homer-4.11-0。只要只有一个——我认为这是一个合理的假设——你应该能够逃脱：
perl $CONDA_PREFIX/share/homer*/configureHomer.pl -install hg19