TraMineR 图形对 R 的布局没有反应
TraMineR graphics not reactive to layout of R
##PACKAGES
library(tidyverse,quietly=TRUE)
library(TraMineR)
library(WeightedCluster, quietly = TRUE)
library(viridis)
library(seqhandbook, quietly = TRUE)
这是我的数据集的表示：
mydata<-structure(list(T1 = structure(c("ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN"
), label = "Type chir. bariat."),
T2 = structure(c("ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T3 = structure(c("ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T4 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T5 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T6 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T7 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T8 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T9 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T10 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T11 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T12 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T13 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T14 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T15 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T16 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T17 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T18 = structure(c("ANN",
"ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T19 = structure(c("ANN",
"ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T20 = structure(c("ANN",
"ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat.")),
row.names = c(NA,-50L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))
我想绘制一个图形和彼此相邻的图例，因为显然，函数 seqheatmap from seqhandbook 不显示图例。
我已经分别做了这两个，想用函数来做这个layout from R base
我创建序列的代码
# ALPHABETS AND LABELS
labels <- sort(c("ANN","SLE","BPG","BPD","ABL","DCD"))
Etats_lng<-c("Ablation","Anneau","Derivation bilio-pancréatique","By-pass gastrique",
"Décès","Sleeve")
seq <- seqdef(
mydata[, paste("T",1:20,sep = "")],
alphabet = labels,
states = Etats_lng,
cpal = viridis(6, direction = -1)
)
# distances
couts <- seqsubm(seq, method = "CONSTANT", cval = 2)# Matrice des couts de substitution
seq.dist<- seqdist(seq, method = "OM", indel = 1, sm = couts)# Distance avec optimal-Matching
seq.hclust <- hclust(as.dist(seq.dist), method = "ward.D2") #Clustering des trajectoire
#SETTING OF LAYOUT
layout.matrix <- matrix(c(1,2), nrow = 1, ncol = 2)
layout(mat = layout.matrix,
widths = c(3,1) )# Widths of the two columns
layout.show(2)
我想在第一帧中放置热图，在第二帧中放置图例
但我确实工作
seq_heatmap(seq, seq.hclust)
seqlegend(seq)
函数 layout 在您的示例中不起作用，因为 layout 无法嵌套并且 heatmap（由 seq_heatmap 调用）已经使用 layout 生成热图。
我看到的唯一解决方案是检索函数 heatmap 的源代码（来自 stats），将其重命名为 myheatmap，然后修改它添加颜色图例的显示。
检索heatmap
的代码
myheatmap <- heatmap
edit(myheatmap)
要使 edit 正常工作，您可能必须指定编辑器。或者，您可以使用 View 并在您选择的编辑器中复制粘贴内容。
##PACKAGES
library(tidyverse,quietly=TRUE)
library(TraMineR)
library(WeightedCluster, quietly = TRUE)
library(viridis)
library(seqhandbook, quietly = TRUE)
这是我的数据集的表示：
mydata<-structure(list(T1 = structure(c("ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN"
), label = "Type chir. bariat."),
T2 = structure(c("ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T3 = structure(c("ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T4 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T5 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T6 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN"), label = "Type chir. bariat."),
T7 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T8 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T9 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T10 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ABL"), label = "Type chir. bariat."),
T11 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T12 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T13 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T14 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T15 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T16 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T17 = structure(c("ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T18 = structure(c("ANN",
"ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T19 = structure(c("ANN",
"ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat."),
T20 = structure(c("ANN",
"ABL", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ABL", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "BPG",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "SLE", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN", "ANN",
"ANN", "ANN", "ANN", "SLE"), label = "Type chir. bariat.")),
row.names = c(NA,-50L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))
我想绘制一个图形和彼此相邻的图例，因为显然，函数 seqheatmap from seqhandbook 不显示图例。
我已经分别做了这两个，想用函数来做这个layout from R base
我创建序列的代码
# ALPHABETS AND LABELS
labels <- sort(c("ANN","SLE","BPG","BPD","ABL","DCD"))
Etats_lng<-c("Ablation","Anneau","Derivation bilio-pancréatique","By-pass gastrique",
"Décès","Sleeve")
seq <- seqdef(
mydata[, paste("T",1:20,sep = "")],
alphabet = labels,
states = Etats_lng,
cpal = viridis(6, direction = -1)
)
# distances
couts <- seqsubm(seq, method = "CONSTANT", cval = 2)# Matrice des couts de substitution
seq.dist<- seqdist(seq, method = "OM", indel = 1, sm = couts)# Distance avec optimal-Matching
seq.hclust <- hclust(as.dist(seq.dist), method = "ward.D2") #Clustering des trajectoire
#SETTING OF LAYOUT
layout.matrix <- matrix(c(1,2), nrow = 1, ncol = 2)
layout(mat = layout.matrix,
widths = c(3,1) )# Widths of the two columns
layout.show(2)
我想在第一帧中放置热图，在第二帧中放置图例
但我确实工作
seq_heatmap(seq, seq.hclust)
seqlegend(seq)
函数 layout 在您的示例中不起作用，因为 layout 无法嵌套并且 heatmap（由 seq_heatmap 调用）已经使用 layout 生成热图。
我看到的唯一解决方案是检索函数 heatmap 的源代码（来自 stats），将其重命名为 myheatmap，然后修改它添加颜色图例的显示。
检索heatmap
myheatmap <- heatmap
edit(myheatmap)
要使 edit 正常工作，您可能必须指定编辑器。或者，您可以使用 View 并在您选择的编辑器中复制粘贴内容。