从 Apt 存储库安装特定版本的 R

Question

R 志愿者目前为 R ~3.5 和 ~4.0 维护 Ubuntu 包存储库。对于 Bionic Beaver，这些是：

我正在构建单独的 Singularity 容器，我需要在其中安装非常特定版本的 R；似乎在这些存储库中提供。具体来说，我希望构建包含 R 版本 3.6.1、4.0.3 和 4.1.0 的容器；每个版本一个容器。

我这样做是在容器构建脚本中，首先添加适当的 Apt 源，然后运行使用固定版本安装。我注意到，如果我使用包存储库中列出的精确版本号并且还包括同一版本的 r-recommended，我只能将其设置为运行。例如，对于 R 3.6.1：

apt install -y r-base=3.6.1-3bionic r-recommended=3.6.1-3bionic

这会在给定版本上正确安装 r-base 和 r-recommended。但是，当我运行容器化 R 时，R 实际上报告自己是这些存储库提供的最新版本（分别为 3.6.3、4.1.0 和 4.1.0）。据推测，鉴于 r-base 是正确的，这甚至可能表明它们处于损坏状态。

查看 Apt 的输出，很明显许多其他 r-* 软件包默认为最新版本，而不是我指定的版本。为了解决这个问题，我尝试在所有默认为最新版本的包上明确设置版本。例如，再次使用 R 3.6.1:

apt install -y r-base=3.6.1-3bionic \
               r-base-core=3.6.1-3bionic \
               r-base-dev=3.6.1-3bionic \
               r-base-html=3.6.1-3bionic \
               r-doc-html=3.6.1-3bionic \
               r-recommended=3.6.1-3bionic

然而，这拒绝工作，抱怨与它试图安装的其他包（r-cran-* 包，IIRC）发生冲突。

我不知道这是 Apt-thing、R-thing 还是与他们的存储库有关。有没有一种方法可以让我从官方来源安装这些特定版本，而无需自己构建任何东西？（如果不是，他们将旧版本保留在他们的存储库中有什么意义？）

Answer 1

感谢@Chris'tip-off，理解上述 R 包的结构很重要。

r-base 是一个元数据包，其中包括 r-base-core 和 r-recommended。 r-recommended 是另一个元数据包，其中包含一套推荐的 R 数据包，在尝试固定版本时引入了不兼容性。

对于 just R 二进制文件和文档，固定到特定 ${VERSION}，这将达到目的：

apt install -y --no-install-recommends \
  r-base-core=${VERSION} \
  r-base-html=${VERSION} \
  r-doc-html=${VERSION}

如果你想构建包，你还需要 r-base-dev=${VERSION}。

从 Apt 存储库安装特定版本的 R

Installing a specific version of R from an Apt repository

r

ubuntu

apt

singularity-container