Dredge on GAM returns logLik、AICc、delta 和权重的 NA 结果

Question

我有一个具有两个平滑项和两个运行dom 效应的全局模型。

mRI_qb <- gam(ri ~ SE_score + s(deg, k=7) + s(gs, k=7) + TL + species + sex + season + year + 
                s(code, bs = 're') + s(station, bs = 're'), 
              family=quasibinomial(), data=node_dat, na.action = "na.fail")

我运行 MuMIn 上的 dredge 功能非常慢，即使使用 pdredge 功能也是如此。

# RI dredge very slow so using parallel processing
library (parallel)
library (snow)

#make cluster - use 5 because have 6 cores, need one for other tasks
mycluster = makeCluster(5, type = "SOCK")  ## also need snow installed

#data must exported to the cluster - see 'details' https://rdrr.io/cran/MuMIn/man/pdredge.html
clusterExport(mycluster,"node_dat")

#required packages must be also loaded there
clusterEvalQ(mycluster, library(mgcv))
RI_dredge <- MuMIn::pdredge(mRI_qb, mycluster)

然而，8天后终于完成了。但是我只有 NA 用于 logLik、AICc、delta 和权重列。

我似乎无法找到为什么 dredge 为这些列输出了 NA，尤其是当模型运行良好且没有错误时。

可以找到数据集的副本here

Answer 1

这是因为您使用了 quasibinomial 系列，它没有给出对数似然，因此无法计算 AIC。您可以尝试 bam 而不是 gam，因为这是一个非常大的数据集。

Dredge on GAM returns logLik、AICc、delta 和权重的 NA 结果

Dredge on GAM returns NA results for logLik, AICc, delta and weight

r

na

gam

mumin