测试是否需要Linux个环境模块的逻辑

Question

我帮助维护一个 R 包，它自动生成 shell 脚本，以便在远程服务器上使用 Slurm 运行 Rscript。有一个 submit.sh 脚本的模板，其中填充了用户在 R 函数中提供的参数。然而，某些系统配置了环境模块，因此 shell 脚本在调用 Rscript 之前需要包含行 module load R。

我可以从 R 中执行一些逻辑来检测是否需要 module load R 以便 module load R 行包含在 shell 脚本中，以是否有必要为条件？

Link到我们R包的源代码：rslurm
submit.sh 的模板：submit.sh.txt

Answer 1

从 shell 脚本中，您可以检查是否定义了 module shell 函数，然后检查 R 模块是否存在，在这种情况下尝试应该加载这个模块：

type module >/dev/null 2>&1
if [ $? -eq 0 ] && module is-avail R; then
    module load R
fi

如果 R 模块已经加载，module load 命令将不执行任何操作。因此，即使 R 模块已经加载，也可以安全使用它。

测试是否需要Linux个环境模块的逻辑

Logic to test whether Linux environment modules are needed

r

slurm

environment-modules