使用 pheamap 将特定颜色分配给热图中的一系列值

Question

我想使用 pheatmap 制作一个热图，如果任何东西介于 -1 到 -0.5 之间，它应该是深绿色，任何介于 -0.5 到 -0.10 之间的东西都是浅绿色，任何介于 -0.10 到 0 之间的东西应该是白色。同样，0 到 0.10 为白色，0.10 到 0.5 为浅紫色，0.5 到 1 之间为紫色。我也不想扩展我的数据并且没有集群。到目前为止，我在 R:

中有这段代码

0.85    0.63    0.61    0.60    0.53    0.23    0.20    0.15    0.12    0.08    0.04    -0.05   -0.08   -0.19   -0.34   -0.56   -0.78
0.75    0.54    0.51    0.50    0.45    0.41    0.35    0.12    0.08    0.04    -0.01   -0.07   -0.15   -0.45   -0.51   -0.57   -0.68

df <- read.table("test.txt", header = FALSE, sep = "\t")
pheatmap(as.matrix(df),
         scale="none",
         cluster_rows = FALSE,
         cluster_cols = FALSE,
         annotation_names_col = FALSE,
         show_colnames= FALSE,
         color = colorRampPalette(colors = c("darkgreen","white","purple"))(200),
         main = "A3SS",
         border_color = NA,
         fontsize_row=10
)

如何在作弊图中使用中断来实现我的目标？

Answer 1

您必须设置中断并正确构建调色板 - 如果您真的想要 200 种颜色（如果没有，请参阅下一节），这应该可以完成工作：

library(pheatmap)

 # dummy data
df <- data.table::fread("0.85    0.63    0.61    0.60    0.53    0.23    0.20    0.15    0.12    0.08    0.04    -0.05   -0.08   -0.19   -0.34   -0.56   -0.78
0.75    0.54    0.51    0.50    0.45    0.41    0.35    0.12    0.08    0.04    -0.01   -0.07   -0.15   -0.45   -0.51   -0.57   -0.68")

# make the color pallete
clrsp <- colorRampPalette(c("darkgreen", "white", "purple"))   
clrs <- clrsp(200) 

breaks1 <- seq(-1, 1, length.out = 200)

pheatmap(as.matrix(df),
         scale="none",
         cluster_rows = FALSE,
         cluster_cols = FALSE,
         annotation_names_col = FALSE,
         show_colnames= FALSE,
         color =  clrs,
         main = "A3SS",
         breaks = breaks1,
         fontsize_row=10)

如果您只想使用五种颜色并精确地按照通知的值进行切割，一个选项是从 RColorBrewer 包的已制作托盘中采购：

breaks2 <- c(-1, -0.5, -0.1, 0.1, 0.5, 1)

pheatmap(as.matrix(df),
         scale="none",
         cluster_rows = FALSE,
         cluster_cols = FALSE,
         annotation_names_col = FALSE,
         show_colnames= FALSE,
         color =  rev(RColorBrewer::brewer.pal(5, name = "PiYG")),
         main = "A3SS",
         breaks = breaks2,
         fontsize_row=10)

或者，您可以在矢量中告知颜色，但文本中没有明确的浅紫色，无论如何您可以使用十六进制颜色代码来更精确，然后只是“浅色”/“深色”：

pheatmap(as.matrix(df),
         scale="none",
         cluster_rows = FALSE,
         cluster_cols = FALSE,
         annotation_names_col = FALSE,
         show_colnames= FALSE,
         color =  c("darkgreen","lightgreen","white","darkorchid1","purple"),
         main = "A3SS",
         breaks = breaks2,
         fontsize_row=10)

使用 pheamap 将特定颜色分配给热图中的一系列值

Assigning specific color to a range of values in heatmap using pheamap

r

heatmap

pheatmap