Geom_smooth 不在 ggplot2 上绘制

Question

我正在尝试制作平滑曲线，但我不知道为什么不起作用。这是我的数据集

data.fam
###specnumber_f site  position
             23   MS  on
              9   MS  on
             11   CU  on
              9   CA  on
             21   CF  on
             17   ST  on
              6   AB  on
              4   AB  on
              8   AB  on
              3   FN off
              4   FN off
             14   RO off
              6   RO off
              7 SPSP off
              4 SPSP off
              3 SPSP off

我需要 x 轴遵循此站点顺序

lat.order <- factor(data.fam$site, levels=c("MS", "CU", "CA", "CF", "ST", "AB", "FN",
"RO", "SPSP"))

然后，我尝试了这段代码，但 geom_smooth 没有绘图，我相信这是一个简单的答案，我无法解决它

ggplot(data.fam, aes(x=as.factor(lat.order), y=specnumber_f))+
  geom_point(aes(colour = factor(position)), size = 2)+
  geom_smooth()

Answer 1

OP。你的线没有显示的原因是你的 x 轴值是离散的。实际上，ggplot2 不知道如何沿 x 轴连接数据，因为对于离散数据，没有明显的理由要沿该轴连接。

这里有两个通用的解决方案。一个很简单，给你一条边缘硬的线，而另一个更复杂，但你会得到一条边缘完全光滑的线。

简单的解决方案：线条不平滑

要得到一条“不平滑”的线，您需要做的就是告诉 ggplot2 沿 x 轴的点都在那个维度上相连，并且它应该使用要分配给 x 轴的级别。如果不以数字方式处理刻度，就无法计算沿该轴的公式，因此这是必要的。由于在这种情况下轴仍然是离散的，因此如果它位于沿 x 的任意两个值之间，则没有任何意义，因此您得到的线将是 angular（不平滑）。感谢@teunbrand 提供此解决方案：

ggplot(data.fam, aes(x=site, y=specnumber_f)) +
  geom_point() + geom_smooth(aes(group=-1))

获得平滑的线条

如果您对简单的解决方案在美学上感到满意，那么它是最简单的，所以请采用它。如果你真的想要一条平滑的线，这里有一种方法可以做到。基本思想是我们需要将您的离散轴更改为连续轴。问题是 data.fam$site 不是连续的。因此，我们需要基本上将 data.fam$site 的值映射到另一个数字列，然后使用 scale_x_continous() 来标记我们的轴，并使用 data.fam$site.

中的正确名称

首先，我们将轴标签的顺序放在一边：

lat.order.levels <- c("MS", "CU", "CA", "CF", "ST", "AB", "FN",
                      "RO", "SPSP")

然后，我们制作另一个数据框，用于将我们的连续列（此处为 site_num）映射到原始数据框，data.fam。

site.data <- data.frame(
  site = lat.order.levels,
  site_num = 1:length(lat.order.levels)
)

最后，我们合并两帧，保留所有点在data.fam中。我为此创建了一个新的 data.frame df:

df <- dplyr::left_join(data.fam, site.data, by= "site")

对于绘图，您将 x 美学分配给 site_num，并使用 lat.order.levels 通过 scale_x_continuous() 标记轴。

ggplot(df, aes(x=site_num, y=specnumber_f)) +
  geom_point() + geom_smooth() +
  scale_x_continuous(
    breaks=1:length(lat.order.levels),
    labels=lat.order.levels
  )

Geom_smooth 不在 ggplot2 上绘制

Geom_smooth doesn't plot on ggplot2

r

ggplot2

smoothing

简单的解决方案：线条不平滑

获得平滑的线条