在 R 中的每个单元格中查找数据集中与字符串数据列表的关联
finding associations in dataset with list of string data in each cell in R
我正在寻找一种方法来查找 table（或列表）中单词之间的关联。在 table 的每个单元格中，我用“;”分隔了几个单词。
假设我有一个 table，如下所示；有些单词 'af' 或 'aa' 属于一个单元格。
df<-read.table(text="
A B C D
af;aa;az bf;bb c;cc df;dd
aa;az bf;bc c dc;dd
ah;al;aa bb c;cd dd
af;aa bf cc dd",header=T,stringsAsFactors = F)
我想找到整个数据集中所有单词之间、单元格之间的关联（对单元格关联不感兴趣）。例如，aa 和 dd 在一行中出现了多少次，或者告诉我哪些词具有最高的关联性（例如 aa 与 bb，aa 与 dd，....）。
预期输出：（数字可能不准确，关联代表未显示为“--”）
2 pairs association (numbers can be counts, probability or normalized association)
association number of associations
aa--dd 3
aa--c 3
bb--dd 2
...
3 pairs association
aa--bb--dd 3
aa--bb--c 3
...
4 pairs association
aa--bb--c--dd 2
aa--bf--c--dd 2
...
你能帮我用 R 实现吗？
发送
我不确定您是否想到了类似下面的方法。它基本上是我们在嵌套 purrr::map 调用中使用的自定义函数。外部调用循环遍历对数：2、3、4，内部调用使用 combn 创建所有可能的组合作为输入，并使用自定义函数来创建所需的输出。
library(tidyverse)
count_pairs <- function(x) {
s <- seq(x)
df[, x] %>%
reduce(s, separate_rows, .init = ., sep = ";")
group_by(across()) %>%
count() %>%
rename(set_names(s))
}
map(2:4,
~ map_dfr(combn(1:4, .x, simplify = FALSE),
count_pairs) %>% arrange(-n))
#> [[1]]
#> # A tibble: 50 x 3
#> # Groups: 1, 2 [50]
#> `1` `2` n
#> <chr> <chr> <int>
#> 1 aa dd 4
#> 2 aa bf 3
#> 3 aa c 3
#> 4 bf dd 3
#> 5 c dd 3
#> 6 aa bb 2
#> 7 af bf 2
#> 8 az bf 2
#> 9 aa cc 2
#> 10 af cc 2
#> # ... with 40 more rows
#>
#> [[2]]
#> # A tibble: 70 x 4
#> # Groups: 1, 2, 3 [70]
#> `1` `2` `3` n
#> <chr> <chr> <chr> <int>
#> 1 aa bf dd 3
#> 2 aa c dd 3
#> 3 aa bb c 2
#> 4 aa bf c 2
#> 5 aa bf cc 2
#> 6 af bf cc 2
#> 7 az bf c 2
#> 8 aa bb dd 2
#> 9 af bf dd 2
#> 10 az bf dd 2
#> # ... with 60 more rows
#>
#> [[3]]
#> # A tibble: 35 x 5
#> # Groups: 1, 2, 3, 4 [35]
#> `1` `2` `3` `4` n
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <int>
#> 1 aa bb c dd 2
#> 2 aa bf c dd 2
#> 3 aa bf cc dd 2
#> 4 af bf cc dd 2
#> 5 az bf c dd 2
#> 6 aa bb c df 1
#> 7 aa bb cc dd 1
#> 8 aa bb cc df 1
#> 9 aa bb cd dd 1
#> 10 aa bc c dc 1
#> # ... with 25 more rows
# the data
df<-read.table(text="
A B C D
af;aa;az bf;bb c;cc df;dd
aa;az bf;bc c dc;dd
ah;al;aa bb c;cd dd
af;aa bf cc dd",header=T,stringsAsFactors = F)
由 reprex package (v2.0.1)
于 2021-08-11 创建
您可以尝试下面的基本 R 代码
lst <- apply(df, 1, function(x) sort(unlist(strsplit(x, ";"))))
res <- lapply(
2:4,
function(k) {
setNames(
data.frame(
table(
unlist(
sapply(
lst,
function(v) combn(v, k, paste0, collapse = "--")
)
)
)
), c("association", "count")
)
}
)
你会看到
> res
[[1]]
association count
1 aa--af 2
2 aa--ah 1
3 aa--al 1
4 aa--az 2
5 aa--bb 2
6 aa--bc 1
7 aa--bf 3
8 aa--c 3
9 aa--cc 2
10 aa--cd 1
11 aa--dc 1
12 aa--dd 4
13 aa--df 1
14 af--az 1
15 af--bb 1
16 af--bf 2
17 af--c 1
18 af--cc 2
19 af--dd 2
20 af--df 1
21 ah--al 1
22 ah--bb 1
23 ah--c 1
24 ah--cd 1
25 ah--dd 1
26 al--bb 1
27 al--c 1
28 al--cd 1
29 al--dd 1
30 az--bb 1
31 az--bc 1
32 az--bf 2
33 az--c 2
34 az--cc 1
35 az--dc 1
36 az--dd 2
37 az--df 1
38 bb--bf 1
39 bb--c 2
40 bb--cc 1
41 bb--cd 1
42 bb--dd 2
43 bb--df 1
44 bc--bf 1
45 bc--c 1
46 bc--dc 1
47 bc--dd 1
48 bf--c 2
49 bf--cc 2
50 bf--dc 1
51 bf--dd 3
52 bf--df 1
53 c--cc 1
54 c--cd 1
55 c--dc 1
56 c--dd 3
57 c--df 1
58 cc--dd 2
59 cc--df 1
60 cd--dd 1
61 dc--dd 1
62 dd--df 1
[[2]]
association count
1 aa--af--az 1
2 aa--af--bb 1
3 aa--af--bf 2
4 aa--af--c 1
5 aa--af--cc 2
6 aa--af--dd 2
7 aa--af--df 1
8 aa--ah--al 1
9 aa--ah--bb 1
10 aa--ah--c 1
11 aa--ah--cd 1
12 aa--ah--dd 1
13 aa--al--bb 1
14 aa--al--c 1
15 aa--al--cd 1
16 aa--al--dd 1
17 aa--az--bb 1
18 aa--az--bc 1
19 aa--az--bf 2
20 aa--az--c 2
21 aa--az--cc 1
22 aa--az--dc 1
23 aa--az--dd 2
24 aa--az--df 1
25 aa--bb--bf 1
26 aa--bb--c 2
27 aa--bb--cc 1
28 aa--bb--cd 1
29 aa--bb--dd 2
30 aa--bb--df 1
31 aa--bc--bf 1
32 aa--bc--c 1
33 aa--bc--dc 1
34 aa--bc--dd 1
35 aa--bf--c 2
36 aa--bf--cc 2
37 aa--bf--dc 1
38 aa--bf--dd 3
39 aa--bf--df 1
40 aa--c--cc 1
41 aa--c--cd 1
42 aa--c--dc 1
43 aa--c--dd 3
44 aa--c--df 1
45 aa--cc--dd 2
46 aa--cc--df 1
47 aa--cd--dd 1
48 aa--dc--dd 1
49 aa--dd--df 1
50 af--az--bb 1
51 af--az--bf 1
52 af--az--c 1
53 af--az--cc 1
54 af--az--dd 1
55 af--az--df 1
56 af--bb--bf 1
57 af--bb--c 1
58 af--bb--cc 1
59 af--bb--dd 1
60 af--bb--df 1
61 af--bf--c 1
62 af--bf--cc 2
63 af--bf--dd 2
64 af--bf--df 1
65 af--c--cc 1
66 af--c--dd 1
67 af--c--df 1
68 af--cc--dd 2
69 af--cc--df 1
70 af--dd--df 1
71 ah--al--bb 1
72 ah--al--c 1
73 ah--al--cd 1
74 ah--al--dd 1
75 ah--bb--c 1
76 ah--bb--cd 1
77 ah--bb--dd 1
78 ah--c--cd 1
79 ah--c--dd 1
80 ah--cd--dd 1
81 al--bb--c 1
82 al--bb--cd 1
83 al--bb--dd 1
84 al--c--cd 1
85 al--c--dd 1
86 al--cd--dd 1
87 az--bb--bf 1
88 az--bb--c 1
89 az--bb--cc 1
90 az--bb--dd 1
91 az--bb--df 1
92 az--bc--bf 1
93 az--bc--c 1
94 az--bc--dc 1
95 az--bc--dd 1
96 az--bf--c 2
97 az--bf--cc 1
98 az--bf--dc 1
99 az--bf--dd 2
100 az--bf--df 1
101 az--c--cc 1
102 az--c--dc 1
103 az--c--dd 2
104 az--c--df 1
105 az--cc--dd 1
106 az--cc--df 1
107 az--dc--dd 1
108 az--dd--df 1
109 bb--bf--c 1
110 bb--bf--cc 1
111 bb--bf--dd 1
112 bb--bf--df 1
113 bb--c--cc 1
114 bb--c--cd 1
115 bb--c--dd 2
116 bb--c--df 1
117 bb--cc--dd 1
118 bb--cc--df 1
119 bb--cd--dd 1
120 bb--dd--df 1
121 bc--bf--c 1
122 bc--bf--dc 1
123 bc--bf--dd 1
124 bc--c--dc 1
125 bc--c--dd 1
126 bc--dc--dd 1
127 bf--c--cc 1
128 bf--c--dc 1
129 bf--c--dd 2
130 bf--c--df 1
131 bf--cc--dd 2
132 bf--cc--df 1
133 bf--dc--dd 1
134 bf--dd--df 1
135 c--cc--dd 1
136 c--cc--df 1
137 c--cd--dd 1
138 c--dc--dd 1
139 c--dd--df 1
140 cc--dd--df 1
[[3]]
association count
1 aa--af--az--bb 1
2 aa--af--az--bf 1
3 aa--af--az--c 1
4 aa--af--az--cc 1
5 aa--af--az--dd 1
6 aa--af--az--df 1
7 aa--af--bb--bf 1
8 aa--af--bb--c 1
9 aa--af--bb--cc 1
10 aa--af--bb--dd 1
11 aa--af--bb--df 1
12 aa--af--bf--c 1
13 aa--af--bf--cc 2
14 aa--af--bf--dd 2
15 aa--af--bf--df 1
16 aa--af--c--cc 1
17 aa--af--c--dd 1
18 aa--af--c--df 1
19 aa--af--cc--dd 2
20 aa--af--cc--df 1
21 aa--af--dd--df 1
22 aa--ah--al--bb 1
23 aa--ah--al--c 1
24 aa--ah--al--cd 1
25 aa--ah--al--dd 1
26 aa--ah--bb--c 1
27 aa--ah--bb--cd 1
28 aa--ah--bb--dd 1
29 aa--ah--c--cd 1
30 aa--ah--c--dd 1
31 aa--ah--cd--dd 1
32 aa--al--bb--c 1
33 aa--al--bb--cd 1
34 aa--al--bb--dd 1
35 aa--al--c--cd 1
36 aa--al--c--dd 1
37 aa--al--cd--dd 1
38 aa--az--bb--bf 1
39 aa--az--bb--c 1
40 aa--az--bb--cc 1
41 aa--az--bb--dd 1
42 aa--az--bb--df 1
43 aa--az--bc--bf 1
44 aa--az--bc--c 1
45 aa--az--bc--dc 1
46 aa--az--bc--dd 1
47 aa--az--bf--c 2
48 aa--az--bf--cc 1
49 aa--az--bf--dc 1
50 aa--az--bf--dd 2
51 aa--az--bf--df 1
52 aa--az--c--cc 1
53 aa--az--c--dc 1
54 aa--az--c--dd 2
55 aa--az--c--df 1
56 aa--az--cc--dd 1
57 aa--az--cc--df 1
58 aa--az--dc--dd 1
59 aa--az--dd--df 1
60 aa--bb--bf--c 1
61 aa--bb--bf--cc 1
62 aa--bb--bf--dd 1
63 aa--bb--bf--df 1
64 aa--bb--c--cc 1
65 aa--bb--c--cd 1
66 aa--bb--c--dd 2
67 aa--bb--c--df 1
68 aa--bb--cc--dd 1
69 aa--bb--cc--df 1
70 aa--bb--cd--dd 1
71 aa--bb--dd--df 1
72 aa--bc--bf--c 1
73 aa--bc--bf--dc 1
74 aa--bc--bf--dd 1
75 aa--bc--c--dc 1
76 aa--bc--c--dd 1
77 aa--bc--dc--dd 1
78 aa--bf--c--cc 1
79 aa--bf--c--dc 1
80 aa--bf--c--dd 2
81 aa--bf--c--df 1
82 aa--bf--cc--dd 2
83 aa--bf--cc--df 1
84 aa--bf--dc--dd 1
85 aa--bf--dd--df 1
86 aa--c--cc--dd 1
87 aa--c--cc--df 1
88 aa--c--cd--dd 1
89 aa--c--dc--dd 1
90 aa--c--dd--df 1
91 aa--cc--dd--df 1
92 af--az--bb--bf 1
93 af--az--bb--c 1
94 af--az--bb--cc 1
95 af--az--bb--dd 1
96 af--az--bb--df 1
97 af--az--bf--c 1
98 af--az--bf--cc 1
99 af--az--bf--dd 1
100 af--az--bf--df 1
101 af--az--c--cc 1
102 af--az--c--dd 1
103 af--az--c--df 1
104 af--az--cc--dd 1
105 af--az--cc--df 1
106 af--az--dd--df 1
107 af--bb--bf--c 1
108 af--bb--bf--cc 1
109 af--bb--bf--dd 1
110 af--bb--bf--df 1
111 af--bb--c--cc 1
112 af--bb--c--dd 1
113 af--bb--c--df 1
114 af--bb--cc--dd 1
115 af--bb--cc--df 1
116 af--bb--dd--df 1
117 af--bf--c--cc 1
118 af--bf--c--dd 1
119 af--bf--c--df 1
120 af--bf--cc--dd 2
121 af--bf--cc--df 1
122 af--bf--dd--df 1
123 af--c--cc--dd 1
124 af--c--cc--df 1
125 af--c--dd--df 1
126 af--cc--dd--df 1
127 ah--al--bb--c 1
128 ah--al--bb--cd 1
129 ah--al--bb--dd 1
130 ah--al--c--cd 1
131 ah--al--c--dd 1
132 ah--al--cd--dd 1
133 ah--bb--c--cd 1
134 ah--bb--c--dd 1
135 ah--bb--cd--dd 1
136 ah--c--cd--dd 1
137 al--bb--c--cd 1
138 al--bb--c--dd 1
139 al--bb--cd--dd 1
140 al--c--cd--dd 1
141 az--bb--bf--c 1
142 az--bb--bf--cc 1
143 az--bb--bf--dd 1
144 az--bb--bf--df 1
145 az--bb--c--cc 1
146 az--bb--c--dd 1
147 az--bb--c--df 1
148 az--bb--cc--dd 1
149 az--bb--cc--df 1
150 az--bb--dd--df 1
151 az--bc--bf--c 1
152 az--bc--bf--dc 1
153 az--bc--bf--dd 1
154 az--bc--c--dc 1
155 az--bc--c--dd 1
156 az--bc--dc--dd 1
157 az--bf--c--cc 1
158 az--bf--c--dc 1
159 az--bf--c--dd 2
160 az--bf--c--df 1
161 az--bf--cc--dd 1
162 az--bf--cc--df 1
163 az--bf--dc--dd 1
164 az--bf--dd--df 1
165 az--c--cc--dd 1
166 az--c--cc--df 1
167 az--c--dc--dd 1
168 az--c--dd--df 1
169 az--cc--dd--df 1
170 bb--bf--c--cc 1
171 bb--bf--c--dd 1
172 bb--bf--c--df 1
173 bb--bf--cc--dd 1
174 bb--bf--cc--df 1
175 bb--bf--dd--df 1
176 bb--c--cc--dd 1
177 bb--c--cc--df 1
178 bb--c--cd--dd 1
179 bb--c--dd--df 1
180 bb--cc--dd--df 1
181 bc--bf--c--dc 1
182 bc--bf--c--dd 1
183 bc--bf--dc--dd 1
184 bc--c--dc--dd 1
185 bf--c--cc--dd 1
186 bf--c--cc--df 1
187 bf--c--dc--dd 1
188 bf--c--dd--df 1
189 bf--cc--dd--df 1
190 c--cc--dd--df 1
df<-read.table(text="
A B C D
af;aa;az bf;bb c;cc df;dd
aa;az bf;bc c dc;dd
ah;al;aa bb c;cd dd
af;aa bf cc dd",header=T,stringsAsFactors = F)
df<-apply(df, 2, function(x) gsub(";", " ", x))
df2<-as.data.frame(apply(df, 2,function(x) paste(x[1:4],sep = "," )))
df3<-splitstackshape::cSplit(df2, c("A", "B", "C","D"), " ")
df4<-as.data.frame(t(df3))
A<-expand.grid(df4[,1],df4[,1])
B<-expand.grid(df4[,2],df4[,2])
C<-expand.grid(df4[,3],df4[,3])
D<-expand.grid(df4[,4],df4[,4])
DF_list<-bind_rows(A,B,C,D)
DF_list$Var1 == DF_list$Var2 -> DF_list$filter
DF_list[DF_list$filter == "FALSE", ]-> DF_list
DF_list$Var1<-as.character(DF_list$Var1)
DF_list$Var2<-as.character(DF_list$Var2)
DF_list[nchar(DF_list$Var1) > 0, ]-> DF_list
DF_list[nchar(DF_list$Var2) > 0, ]-> DF_list
pair_df<-data.frame("pairs" = paste(DF_list[["Var1"]], "--", DF_list[["Var2"]], sep = ""))
pairs<-data.frame("combos"= table(pair_df$pairs))
####output###
combos.Var1 combos.Freq
1 aa--af 2
2 aa--ah 1
3 aa--al 1
4 aa--az 2
5 aa--bb 2
6 aa--bc 1
7 aa--bf 3
8 aa--c 3
9 aa--cc 2
10 aa--cd 1
11 aa--dc 1
12 aa--dd 4
13 aa--df 1
14 af--aa 2
15 af--az 1
16 af--bb 1
17 af--bf 2
18 af--c 1
19 af--cc 2
20 af--dd 2
21 af--df 1
22 ah--aa 1
23 ah--al 1
24 ah--bb 1
25 ah--c 1
26 ah--cd 1
27 ah--dd 1
28 al--aa 1
29 al--ah 1
30 al--bb 1
31 al--c 1
32 al--cd 1
33 al--dd 1
34 az--aa 2
35 az--af 1
36 az--bb 1
37 az--bc 1
38 az--bf 2
39 az--c 2
40 az--cc 1
41 az--dc 1
42 az--dd 2
43 az--df 1
44 bb--aa 2
45 bb--af 1
46 bb--ah 1
47 bb--al 1
48 bb--az 1
49 bb--bf 1
50 bb--c 2
51 bb--cc 1
52 bb--cd 1
53 bb--dd 2
54 bb--df 1
55 bc--aa 1
56 bc--az 1
57 bc--bf 1
58 bc--c 1
59 bc--dc 1
60 bc--dd 1
61 bf--aa 3
62 bf--af 2
63 bf--az 2
64 bf--bb 1
65 bf--bc 1
66 bf--c 2
67 bf--cc 2
68 bf--dc 1
69 bf--dd 3
70 bf--df 1
71 c--aa 3
72 c--af 1
73 c--ah 1
74 c--al 1
75 c--az 2
76 c--bb 2
77 c--bc 1
78 c--bf 2
79 c--cc 1
80 c--cd 1
81 c--dc 1
82 c--dd 3
83 c--df 1
84 cc--aa 2
85 cc--af 2
86 cc--az 1
87 cc--bb 1
88 cc--bf 2
89 cc--c 1
90 cc--dd 2
91 cc--df 1
92 cd--aa 1
93 cd--ah 1
94 cd--al 1
95 cd--bb 1
96 cd--c 1
97 cd--dd 1
98 dc--aa 1
99 dc--az 1
100 dc--bc 1
101 dc--bf 1
102 dc--c 1
103 dc--dd 1
104 dd--aa 4
105 dd--af 2
106 dd--ah 1
107 dd--al 1
108 dd--az 2
109 dd--bb 2
110 dd--bc 1
111 dd--bf 3
112 dd--c 3
113 dd--cc 2
114 dd--cd 1
115 dd--dc 1
116 dd--df 1
117 df--aa 1
118 df--af 1
119 df--az 1
120 df--bb 1
121 df--bf 1
122 df--c 1
123 df--cc 1
124 df--dd 1
我正在寻找一种方法来查找 table（或列表）中单词之间的关联。在 table 的每个单元格中，我用“;”分隔了几个单词。
假设我有一个 table，如下所示；有些单词 'af' 或 'aa' 属于一个单元格。
df<-read.table(text="
A B C D
af;aa;az bf;bb c;cc df;dd
aa;az bf;bc c dc;dd
ah;al;aa bb c;cd dd
af;aa bf cc dd",header=T,stringsAsFactors = F)
我想找到整个数据集中所有单词之间、单元格之间的关联（对单元格关联不感兴趣）。例如，aa 和 dd 在一行中出现了多少次，或者告诉我哪些词具有最高的关联性（例如 aa 与 bb，aa 与 dd，....）。
预期输出：（数字可能不准确，关联代表未显示为“--”）
2 pairs association (numbers can be counts, probability or normalized association)
association number of associations
aa--dd 3
aa--c 3
bb--dd 2
...
3 pairs association
aa--bb--dd 3
aa--bb--c 3
...
4 pairs association
aa--bb--c--dd 2
aa--bf--c--dd 2
...
你能帮我用 R 实现吗？ 发送
我不确定您是否想到了类似下面的方法。它基本上是我们在嵌套 purrr::map 调用中使用的自定义函数。外部调用循环遍历对数：2、3、4，内部调用使用 combn 创建所有可能的组合作为输入，并使用自定义函数来创建所需的输出。
library(tidyverse)
count_pairs <- function(x) {
s <- seq(x)
df[, x] %>%
reduce(s, separate_rows, .init = ., sep = ";")
group_by(across()) %>%
count() %>%
rename(set_names(s))
}
map(2:4,
~ map_dfr(combn(1:4, .x, simplify = FALSE),
count_pairs) %>% arrange(-n))
#> [[1]]
#> # A tibble: 50 x 3
#> # Groups: 1, 2 [50]
#> `1` `2` n
#> <chr> <chr> <int>
#> 1 aa dd 4
#> 2 aa bf 3
#> 3 aa c 3
#> 4 bf dd 3
#> 5 c dd 3
#> 6 aa bb 2
#> 7 af bf 2
#> 8 az bf 2
#> 9 aa cc 2
#> 10 af cc 2
#> # ... with 40 more rows
#>
#> [[2]]
#> # A tibble: 70 x 4
#> # Groups: 1, 2, 3 [70]
#> `1` `2` `3` n
#> <chr> <chr> <chr> <int>
#> 1 aa bf dd 3
#> 2 aa c dd 3
#> 3 aa bb c 2
#> 4 aa bf c 2
#> 5 aa bf cc 2
#> 6 af bf cc 2
#> 7 az bf c 2
#> 8 aa bb dd 2
#> 9 af bf dd 2
#> 10 az bf dd 2
#> # ... with 60 more rows
#>
#> [[3]]
#> # A tibble: 35 x 5
#> # Groups: 1, 2, 3, 4 [35]
#> `1` `2` `3` `4` n
#> <chr> <chr> <chr> <chr> <int>
#> 1 aa bb c dd 2
#> 2 aa bf c dd 2
#> 3 aa bf cc dd 2
#> 4 af bf cc dd 2
#> 5 az bf c dd 2
#> 6 aa bb c df 1
#> 7 aa bb cc dd 1
#> 8 aa bb cc df 1
#> 9 aa bb cd dd 1
#> 10 aa bc c dc 1
#> # ... with 25 more rows
# the data
df<-read.table(text="
A B C D
af;aa;az bf;bb c;cc df;dd
aa;az bf;bc c dc;dd
ah;al;aa bb c;cd dd
af;aa bf cc dd",header=T,stringsAsFactors = F)
由 reprex package (v2.0.1)
于 2021-08-11 创建您可以尝试下面的基本 R 代码
lst <- apply(df, 1, function(x) sort(unlist(strsplit(x, ";"))))
res <- lapply(
2:4,
function(k) {
setNames(
data.frame(
table(
unlist(
sapply(
lst,
function(v) combn(v, k, paste0, collapse = "--")
)
)
)
), c("association", "count")
)
}
)
你会看到
> res
[[1]]
association count
1 aa--af 2
2 aa--ah 1
3 aa--al 1
4 aa--az 2
5 aa--bb 2
6 aa--bc 1
7 aa--bf 3
8 aa--c 3
9 aa--cc 2
10 aa--cd 1
11 aa--dc 1
12 aa--dd 4
13 aa--df 1
14 af--az 1
15 af--bb 1
16 af--bf 2
17 af--c 1
18 af--cc 2
19 af--dd 2
20 af--df 1
21 ah--al 1
22 ah--bb 1
23 ah--c 1
24 ah--cd 1
25 ah--dd 1
26 al--bb 1
27 al--c 1
28 al--cd 1
29 al--dd 1
30 az--bb 1
31 az--bc 1
32 az--bf 2
33 az--c 2
34 az--cc 1
35 az--dc 1
36 az--dd 2
37 az--df 1
38 bb--bf 1
39 bb--c 2
40 bb--cc 1
41 bb--cd 1
42 bb--dd 2
43 bb--df 1
44 bc--bf 1
45 bc--c 1
46 bc--dc 1
47 bc--dd 1
48 bf--c 2
49 bf--cc 2
50 bf--dc 1
51 bf--dd 3
52 bf--df 1
53 c--cc 1
54 c--cd 1
55 c--dc 1
56 c--dd 3
57 c--df 1
58 cc--dd 2
59 cc--df 1
60 cd--dd 1
61 dc--dd 1
62 dd--df 1
[[2]]
association count
1 aa--af--az 1
2 aa--af--bb 1
3 aa--af--bf 2
4 aa--af--c 1
5 aa--af--cc 2
6 aa--af--dd 2
7 aa--af--df 1
8 aa--ah--al 1
9 aa--ah--bb 1
10 aa--ah--c 1
11 aa--ah--cd 1
12 aa--ah--dd 1
13 aa--al--bb 1
14 aa--al--c 1
15 aa--al--cd 1
16 aa--al--dd 1
17 aa--az--bb 1
18 aa--az--bc 1
19 aa--az--bf 2
20 aa--az--c 2
21 aa--az--cc 1
22 aa--az--dc 1
23 aa--az--dd 2
24 aa--az--df 1
25 aa--bb--bf 1
26 aa--bb--c 2
27 aa--bb--cc 1
28 aa--bb--cd 1
29 aa--bb--dd 2
30 aa--bb--df 1
31 aa--bc--bf 1
32 aa--bc--c 1
33 aa--bc--dc 1
34 aa--bc--dd 1
35 aa--bf--c 2
36 aa--bf--cc 2
37 aa--bf--dc 1
38 aa--bf--dd 3
39 aa--bf--df 1
40 aa--c--cc 1
41 aa--c--cd 1
42 aa--c--dc 1
43 aa--c--dd 3
44 aa--c--df 1
45 aa--cc--dd 2
46 aa--cc--df 1
47 aa--cd--dd 1
48 aa--dc--dd 1
49 aa--dd--df 1
50 af--az--bb 1
51 af--az--bf 1
52 af--az--c 1
53 af--az--cc 1
54 af--az--dd 1
55 af--az--df 1
56 af--bb--bf 1
57 af--bb--c 1
58 af--bb--cc 1
59 af--bb--dd 1
60 af--bb--df 1
61 af--bf--c 1
62 af--bf--cc 2
63 af--bf--dd 2
64 af--bf--df 1
65 af--c--cc 1
66 af--c--dd 1
67 af--c--df 1
68 af--cc--dd 2
69 af--cc--df 1
70 af--dd--df 1
71 ah--al--bb 1
72 ah--al--c 1
73 ah--al--cd 1
74 ah--al--dd 1
75 ah--bb--c 1
76 ah--bb--cd 1
77 ah--bb--dd 1
78 ah--c--cd 1
79 ah--c--dd 1
80 ah--cd--dd 1
81 al--bb--c 1
82 al--bb--cd 1
83 al--bb--dd 1
84 al--c--cd 1
85 al--c--dd 1
86 al--cd--dd 1
87 az--bb--bf 1
88 az--bb--c 1
89 az--bb--cc 1
90 az--bb--dd 1
91 az--bb--df 1
92 az--bc--bf 1
93 az--bc--c 1
94 az--bc--dc 1
95 az--bc--dd 1
96 az--bf--c 2
97 az--bf--cc 1
98 az--bf--dc 1
99 az--bf--dd 2
100 az--bf--df 1
101 az--c--cc 1
102 az--c--dc 1
103 az--c--dd 2
104 az--c--df 1
105 az--cc--dd 1
106 az--cc--df 1
107 az--dc--dd 1
108 az--dd--df 1
109 bb--bf--c 1
110 bb--bf--cc 1
111 bb--bf--dd 1
112 bb--bf--df 1
113 bb--c--cc 1
114 bb--c--cd 1
115 bb--c--dd 2
116 bb--c--df 1
117 bb--cc--dd 1
118 bb--cc--df 1
119 bb--cd--dd 1
120 bb--dd--df 1
121 bc--bf--c 1
122 bc--bf--dc 1
123 bc--bf--dd 1
124 bc--c--dc 1
125 bc--c--dd 1
126 bc--dc--dd 1
127 bf--c--cc 1
128 bf--c--dc 1
129 bf--c--dd 2
130 bf--c--df 1
131 bf--cc--dd 2
132 bf--cc--df 1
133 bf--dc--dd 1
134 bf--dd--df 1
135 c--cc--dd 1
136 c--cc--df 1
137 c--cd--dd 1
138 c--dc--dd 1
139 c--dd--df 1
140 cc--dd--df 1
[[3]]
association count
1 aa--af--az--bb 1
2 aa--af--az--bf 1
3 aa--af--az--c 1
4 aa--af--az--cc 1
5 aa--af--az--dd 1
6 aa--af--az--df 1
7 aa--af--bb--bf 1
8 aa--af--bb--c 1
9 aa--af--bb--cc 1
10 aa--af--bb--dd 1
11 aa--af--bb--df 1
12 aa--af--bf--c 1
13 aa--af--bf--cc 2
14 aa--af--bf--dd 2
15 aa--af--bf--df 1
16 aa--af--c--cc 1
17 aa--af--c--dd 1
18 aa--af--c--df 1
19 aa--af--cc--dd 2
20 aa--af--cc--df 1
21 aa--af--dd--df 1
22 aa--ah--al--bb 1
23 aa--ah--al--c 1
24 aa--ah--al--cd 1
25 aa--ah--al--dd 1
26 aa--ah--bb--c 1
27 aa--ah--bb--cd 1
28 aa--ah--bb--dd 1
29 aa--ah--c--cd 1
30 aa--ah--c--dd 1
31 aa--ah--cd--dd 1
32 aa--al--bb--c 1
33 aa--al--bb--cd 1
34 aa--al--bb--dd 1
35 aa--al--c--cd 1
36 aa--al--c--dd 1
37 aa--al--cd--dd 1
38 aa--az--bb--bf 1
39 aa--az--bb--c 1
40 aa--az--bb--cc 1
41 aa--az--bb--dd 1
42 aa--az--bb--df 1
43 aa--az--bc--bf 1
44 aa--az--bc--c 1
45 aa--az--bc--dc 1
46 aa--az--bc--dd 1
47 aa--az--bf--c 2
48 aa--az--bf--cc 1
49 aa--az--bf--dc 1
50 aa--az--bf--dd 2
51 aa--az--bf--df 1
52 aa--az--c--cc 1
53 aa--az--c--dc 1
54 aa--az--c--dd 2
55 aa--az--c--df 1
56 aa--az--cc--dd 1
57 aa--az--cc--df 1
58 aa--az--dc--dd 1
59 aa--az--dd--df 1
60 aa--bb--bf--c 1
61 aa--bb--bf--cc 1
62 aa--bb--bf--dd 1
63 aa--bb--bf--df 1
64 aa--bb--c--cc 1
65 aa--bb--c--cd 1
66 aa--bb--c--dd 2
67 aa--bb--c--df 1
68 aa--bb--cc--dd 1
69 aa--bb--cc--df 1
70 aa--bb--cd--dd 1
71 aa--bb--dd--df 1
72 aa--bc--bf--c 1
73 aa--bc--bf--dc 1
74 aa--bc--bf--dd 1
75 aa--bc--c--dc 1
76 aa--bc--c--dd 1
77 aa--bc--dc--dd 1
78 aa--bf--c--cc 1
79 aa--bf--c--dc 1
80 aa--bf--c--dd 2
81 aa--bf--c--df 1
82 aa--bf--cc--dd 2
83 aa--bf--cc--df 1
84 aa--bf--dc--dd 1
85 aa--bf--dd--df 1
86 aa--c--cc--dd 1
87 aa--c--cc--df 1
88 aa--c--cd--dd 1
89 aa--c--dc--dd 1
90 aa--c--dd--df 1
91 aa--cc--dd--df 1
92 af--az--bb--bf 1
93 af--az--bb--c 1
94 af--az--bb--cc 1
95 af--az--bb--dd 1
96 af--az--bb--df 1
97 af--az--bf--c 1
98 af--az--bf--cc 1
99 af--az--bf--dd 1
100 af--az--bf--df 1
101 af--az--c--cc 1
102 af--az--c--dd 1
103 af--az--c--df 1
104 af--az--cc--dd 1
105 af--az--cc--df 1
106 af--az--dd--df 1
107 af--bb--bf--c 1
108 af--bb--bf--cc 1
109 af--bb--bf--dd 1
110 af--bb--bf--df 1
111 af--bb--c--cc 1
112 af--bb--c--dd 1
113 af--bb--c--df 1
114 af--bb--cc--dd 1
115 af--bb--cc--df 1
116 af--bb--dd--df 1
117 af--bf--c--cc 1
118 af--bf--c--dd 1
119 af--bf--c--df 1
120 af--bf--cc--dd 2
121 af--bf--cc--df 1
122 af--bf--dd--df 1
123 af--c--cc--dd 1
124 af--c--cc--df 1
125 af--c--dd--df 1
126 af--cc--dd--df 1
127 ah--al--bb--c 1
128 ah--al--bb--cd 1
129 ah--al--bb--dd 1
130 ah--al--c--cd 1
131 ah--al--c--dd 1
132 ah--al--cd--dd 1
133 ah--bb--c--cd 1
134 ah--bb--c--dd 1
135 ah--bb--cd--dd 1
136 ah--c--cd--dd 1
137 al--bb--c--cd 1
138 al--bb--c--dd 1
139 al--bb--cd--dd 1
140 al--c--cd--dd 1
141 az--bb--bf--c 1
142 az--bb--bf--cc 1
143 az--bb--bf--dd 1
144 az--bb--bf--df 1
145 az--bb--c--cc 1
146 az--bb--c--dd 1
147 az--bb--c--df 1
148 az--bb--cc--dd 1
149 az--bb--cc--df 1
150 az--bb--dd--df 1
151 az--bc--bf--c 1
152 az--bc--bf--dc 1
153 az--bc--bf--dd 1
154 az--bc--c--dc 1
155 az--bc--c--dd 1
156 az--bc--dc--dd 1
157 az--bf--c--cc 1
158 az--bf--c--dc 1
159 az--bf--c--dd 2
160 az--bf--c--df 1
161 az--bf--cc--dd 1
162 az--bf--cc--df 1
163 az--bf--dc--dd 1
164 az--bf--dd--df 1
165 az--c--cc--dd 1
166 az--c--cc--df 1
167 az--c--dc--dd 1
168 az--c--dd--df 1
169 az--cc--dd--df 1
170 bb--bf--c--cc 1
171 bb--bf--c--dd 1
172 bb--bf--c--df 1
173 bb--bf--cc--dd 1
174 bb--bf--cc--df 1
175 bb--bf--dd--df 1
176 bb--c--cc--dd 1
177 bb--c--cc--df 1
178 bb--c--cd--dd 1
179 bb--c--dd--df 1
180 bb--cc--dd--df 1
181 bc--bf--c--dc 1
182 bc--bf--c--dd 1
183 bc--bf--dc--dd 1
184 bc--c--dc--dd 1
185 bf--c--cc--dd 1
186 bf--c--cc--df 1
187 bf--c--dc--dd 1
188 bf--c--dd--df 1
189 bf--cc--dd--df 1
190 c--cc--dd--df 1
df<-read.table(text="
A B C D
af;aa;az bf;bb c;cc df;dd
aa;az bf;bc c dc;dd
ah;al;aa bb c;cd dd
af;aa bf cc dd",header=T,stringsAsFactors = F)
df<-apply(df, 2, function(x) gsub(";", " ", x))
df2<-as.data.frame(apply(df, 2,function(x) paste(x[1:4],sep = "," )))
df3<-splitstackshape::cSplit(df2, c("A", "B", "C","D"), " ")
df4<-as.data.frame(t(df3))
A<-expand.grid(df4[,1],df4[,1])
B<-expand.grid(df4[,2],df4[,2])
C<-expand.grid(df4[,3],df4[,3])
D<-expand.grid(df4[,4],df4[,4])
DF_list<-bind_rows(A,B,C,D)
DF_list$Var1 == DF_list$Var2 -> DF_list$filter
DF_list[DF_list$filter == "FALSE", ]-> DF_list
DF_list$Var1<-as.character(DF_list$Var1)
DF_list$Var2<-as.character(DF_list$Var2)
DF_list[nchar(DF_list$Var1) > 0, ]-> DF_list
DF_list[nchar(DF_list$Var2) > 0, ]-> DF_list
pair_df<-data.frame("pairs" = paste(DF_list[["Var1"]], "--", DF_list[["Var2"]], sep = ""))
pairs<-data.frame("combos"= table(pair_df$pairs))
####output###
combos.Var1 combos.Freq
1 aa--af 2
2 aa--ah 1
3 aa--al 1
4 aa--az 2
5 aa--bb 2
6 aa--bc 1
7 aa--bf 3
8 aa--c 3
9 aa--cc 2
10 aa--cd 1
11 aa--dc 1
12 aa--dd 4
13 aa--df 1
14 af--aa 2
15 af--az 1
16 af--bb 1
17 af--bf 2
18 af--c 1
19 af--cc 2
20 af--dd 2
21 af--df 1
22 ah--aa 1
23 ah--al 1
24 ah--bb 1
25 ah--c 1
26 ah--cd 1
27 ah--dd 1
28 al--aa 1
29 al--ah 1
30 al--bb 1
31 al--c 1
32 al--cd 1
33 al--dd 1
34 az--aa 2
35 az--af 1
36 az--bb 1
37 az--bc 1
38 az--bf 2
39 az--c 2
40 az--cc 1
41 az--dc 1
42 az--dd 2
43 az--df 1
44 bb--aa 2
45 bb--af 1
46 bb--ah 1
47 bb--al 1
48 bb--az 1
49 bb--bf 1
50 bb--c 2
51 bb--cc 1
52 bb--cd 1
53 bb--dd 2
54 bb--df 1
55 bc--aa 1
56 bc--az 1
57 bc--bf 1
58 bc--c 1
59 bc--dc 1
60 bc--dd 1
61 bf--aa 3
62 bf--af 2
63 bf--az 2
64 bf--bb 1
65 bf--bc 1
66 bf--c 2
67 bf--cc 2
68 bf--dc 1
69 bf--dd 3
70 bf--df 1
71 c--aa 3
72 c--af 1
73 c--ah 1
74 c--al 1
75 c--az 2
76 c--bb 2
77 c--bc 1
78 c--bf 2
79 c--cc 1
80 c--cd 1
81 c--dc 1
82 c--dd 3
83 c--df 1
84 cc--aa 2
85 cc--af 2
86 cc--az 1
87 cc--bb 1
88 cc--bf 2
89 cc--c 1
90 cc--dd 2
91 cc--df 1
92 cd--aa 1
93 cd--ah 1
94 cd--al 1
95 cd--bb 1
96 cd--c 1
97 cd--dd 1
98 dc--aa 1
99 dc--az 1
100 dc--bc 1
101 dc--bf 1
102 dc--c 1
103 dc--dd 1
104 dd--aa 4
105 dd--af 2
106 dd--ah 1
107 dd--al 1
108 dd--az 2
109 dd--bb 2
110 dd--bc 1
111 dd--bf 3
112 dd--c 3
113 dd--cc 2
114 dd--cd 1
115 dd--dc 1
116 dd--df 1
117 df--aa 1
118 df--af 1
119 df--az 1
120 df--bb 1
121 df--bf 1
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124 df--dd 1