遍历 python 脚本中的文件并执行 bash 命令

Question

我正在尝试编写一个 python 脚本，循环遍历目录中的 SAM 文件并使用 samtools view 将这些 SAM 文件转换为 BAM 文件。这就是我所拥有的，但我正在努力解决如何将 SAM 文件 (i) 输入到最后一行的 bash 命令中。

import os
import glob
for i in glob.iglob('/file/path/to/files/*.sam'):
      os.system("samtools view -S -b %i > %i.bam" %i)

感谢您的帮助！

Answer 1

使用最新的 Python 版本，您可以使用 f-strings，其中 f 代表格式。

os.system(f"samtools view -S -b {i} > {i}.bam")

Answer 2

您最好使用经典的字符串连接技术来实现此目的。您基本上可以将结果添加到 os.system 调用中。

您可以将其重写为：

import os
import glob

for file in glob.iglob('/file/path/to/files/*.sam');
    command = "samtools view -S -b " + str(file) + " > " + str(file) + ".bam"
    os.system(command)

您甚至可以改用格式选项：

command = "samtools view -S -b {} > {}.bam".format(file, file)

python documentation 很好地解释了如何执行这些操作。

遍历 python 脚本中的文件并执行 bash 命令

iterate through files in python script and execute bash command

python

samtools