如何强制 rstudio/knitr/rmarkdown 使用替代的 pandoc 二进制文件 (scholdoc)

Question

scholdoc（参见 scholarlymarkdown.com）是 pandoc 的一个分支，有 !FINALLY！轻松引用 figures/code 块等。内置 - pandoc.

中缺失的核心部分

在 rstudio 中使用 knitr/rmarkdown 时，是否有任何直接的方法强制使用 scholdoc 而不是附带的 pandoc 二进制文件？

当我设置在.Rprofile

options(
  rstudio.markdownToHTML = function(inputFile, outputFile) {
    system(
      paste(
        "~/.cabal/bin/scholdoc",
        shQuote(inputFile),
        "-o", shQuote(outputFile)))
  })

如 here 所示，这似乎可行，但是，由于它缺少内部 pandoc 使用的所有命令行选项，因此立即生成 HTML并且会引导我痛苦地获得所有 CLI 选项。

在研究了一些rmarkdown代码后，我也尝试将环境变量RSTUDIO_PANDOC设置为包含scholdoc的路径 - 无济于事。

任何人都可以指出使用最新 rstudio/scholdoc 安装的简单方法吗？

Answer 1

我很久以前就问过一个想法，为了完整起见，我要指出，bookdown 已经进入竞技场，在 rmarkdown 文档中提供数字等的交叉引用。

在发布 install.packages('bookdown') 之后，RStudio 可能会通过将以下内容添加到文档的 YAML header 来强制使用它：

output:
  bookdown::pdf_document2:

如何强制 rstudio/knitr/rmarkdown 使用替代的 pandoc 二进制文件 (scholdoc)

How to force rstudio/knitr/rmarkdown to use alternative pandoc binary (scholdoc)

rstudio

knitr

r-markdown

pandoc