PCA 绘图 - ggfortify 和 ggplot 有什么区别？

Question

我是 PCA 新手。我正在使用 ggfortify 和 ggplot 中的 autoplot 绘制分数。两者具有相同的形状，但 x 轴和 y 轴的值不同。例如。 autoplot 在 y 轴上从 -0.2 变为 0.2，ggplot 从 -0.6 变为 -0.6。图表上的点看起来完全一样。只有坐标轴的值发生了变化。这是为什么？

编辑：我真的不能在这里提供完整的数据，因为它很长。我试过这两个：

library(ggfortify)
pca.data <- prcomp(my_data)
autoplot(pca.data)

和

my_dataframe <- data.frame(Sample = rownames(pca.data$x),
                                       X = pca.data$x[,1],
                                       Y = pca.data$x[,2])
ggplot(data = my_dataframe, aes(x=X, y=Y, label=Sample)) +
  geom_point() +
  xlab("PC1") +
  ylab("PC2") +
  ggtitle("PCA Graph")

Answer 1

根据 vignette，autoplot 的缩放方式与 biplot() 函数相同。如果你不想这样，你可以改用：

autoplot(pca.data, scale=0)

其中（轴标签除外）在您使用的 ggplot 命令中给出相同的结果。

PCA 绘图 - ggfortify 和 ggplot 有什么区别？

PCA plotting - What is the difference between ggfortify and ggplot?

r

ggplot2

pca