将 knitr 整合到您的工作流程中

Question

只是想知道，人们如何将 knitr 整合到他们当前的工作流程中？我有一个很长的、预先存在的 .R 文件，它读取数据、进行分析，并在文件末尾生成一个 ggplot 图表和一个 table 总结我的发现。我想将这些合并到文档中，无论是降价还是 LaTeX。我是否应该将我的初始 .R 文件重命名为 .Rmd 文件并将 knitr 命令放在末尾？我是否应该创建一个新的 .Rmd 文件来创建报告，并以某种方式合并 .R 文件中的分析？换句话说，将 knitr 输出添加到我现有的工作流程的最佳实践是什么？

Answer 1

您应该使用外部资源来将您的脚本作为您的代码存储库和您的 knitr 文档来调用它。您将从这种方法中受益。

例如，在您的长 .R 脚本中标记您现有的代码，如下所示：

## @knitr Q5

all your data prep code

plotQ5 <- ggplot(your plot code

plotQ5

然后在你的 knitr 文档中，后缀为 .Rnw，有类似这样的代码块

<<Q05, results='hide', echo = FALSE, include=FALSE>>=
@

<<Q05plot, fig.width=width, fig.height=height, fig.align="center", warning = FALSE, echo=FALSE>>=
plotQ05
@

现在，当您为 Latex 编译 PDF 时，knitr 将从脚本获取代码和绘图，并输出包含绘图的 PDF 文件。

此外，学习在 knitr 中缓存大对象，这样如果它们没有改变就不需要再次读入它们。

将 knitr 整合到您的工作流程中

Incorporating knitr into your workflow

r

markdown

knitr