在 rmarkdown 中的 sql 块中提示连接字符串
Prompt for connection string in sql chunk within rmarkdown
一直在四处寻找，但找不到我正在寻找的答案。我试图找到一种方法来提示用户输入数据库连接用户名，因为当我 运行 knitr.
时 readlines 不工作
我试过的；
- 在我的系统环境中设置用户名是可行的，但我宁愿让将重新运行此脚本的用户提示输入他们的用户名。
- 在 yaml 输出中设置参数，但根据我在网上阅读的内容，我仍然在脚本中明确注明我的用户名（不太熟悉使用参数，所以也许我错了）
正如@therog1 所说，呈现 rmarkdown 文档不能有任何用户交互：所有输出都是 sink'（捕获），并且没有输入是 opened/allowed（显式 [=71 除外） =] 操作）。因此，如果您需要设置连接凭据，则需要在 呈现文档之前确定（并可选地验证）。
要将这些凭据放入 rmarkdown 文档以进行连接，我强烈建议使用参数化文档，正如已经建议的那样。虽然可以不这样做，但最好以 formal/proper 方式进行。 （对我来说，它类似于函数声明：如果您将 Rmd 文件视为一个“函数”，您希望使用特定参数调用该函数，而不是强制它假定存在 variables/data 等。在 rmarkdown-说话，“函数参数”是文档的params=。）
有几种方法可以解决这个问题；对我来说最突出的两个是：
如果在RStudio中，按照therog1的建议，可以使用params="ask"，RStudio应该会问你参数；如果用户在 RStudio 界面中选择“使用参数编织”，这也适用。如果任何用户不使用 RStudio，此方法将不起作用。
例如，这里有一个 Rmd 启动这个：
---
title: hello world
params:
dbuser:
label: "Username"
value: ""
input: text
dbpass:
label: "Password"
value: ""
input: password
---
```{r echo = FALSE}
con <- DBI::dbConnect(...) # using params$dbuser and params$dbpass
```
当用户选择 “使用参数编织” 时，他们会看到
（https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/params-knit.html and https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-6.html 都是很好的参考资料。）
另一种方法（在 RStudio 以及其他 interactive R 接口中，包括可怕的 Rterm）是使用 keyring 包（ CRAN, website, github)。一个好处是，一旦设置，用户永远不必为此报告输入用户名或密码，并且凭据 安全地 存储在 OS 特定的加密保险库中。
---
title: hello world
params:
dbservice: companydb
dbuser: null
dbpass: null
---
```{r echo = FALSE}
dbuser <-
if (is.null(params$dbuser)) {
keyring::key_list(params$dbservice)$username[1] # arbitrarily pick the first if multiple found
} else params$dbuser
stopifnot(length(dbuser), !is.na(dbuser))
dbpass <-
if (is.null(params$dbpass)) {
keyring::key_get(params$dbservice, dbuser)
} else params$dbuser
con <- DBI::dbConnect(...) # using dbuser and dbpass
```
如果 OS 凭据保险库不是立即可用的，OS 可能会提示用户输入他们的 OS 密码（不是数据库密码）以验证保险库可以通过R代码访问。在 windows 这不是必需的，我没有在 macos/linux.
上测试过
每位用户的一次性设置为：
# install.packages("keyring") # if necessary
keyring::key_set("companydb", "theirusername")
并且将提示用户（通过 GUI 弹出窗口 window）输入安全（隐藏的）密码。这存储在 OS keyring/credentials 保险库中。这里的字符串 "companydb" 是 完全任意的 ，但必须是您同意（或强制）用户的“已知”事物。为了方便您，它需要对所有用户都相同。 （精明的用户可以使用 rmarkdown::render("path/to/doc.Rmd", params=list(dbservice="otherservicename")) 手动覆盖它，尽管这似乎几乎没有必要。）数据库永远不会看到它，因此它可以而且可以说应该是可读和明确的（即，特定于特定的 database/environment） . （它应该是唯一的，这样它就不会无意中覆盖用户对 OS 凭据库的其他使用。）
如果任何用户将在 非 交互式环境中呈现文档（因此不能保证凭据保险库可用），那么这可能无法工作 -是。但是，这些情况通常可以使用环境变量或 https://db.rstudio.com/best-practices/managing-credentials/.
中描述的其他技巧来处理。
一直在四处寻找，但找不到我正在寻找的答案。我试图找到一种方法来提示用户输入数据库连接用户名，因为当我 运行 knitr.
时 readlines 不工作我试过的；
- 在我的系统环境中设置用户名是可行的，但我宁愿让将重新运行此脚本的用户提示输入他们的用户名。
- 在 yaml 输出中设置参数，但根据我在网上阅读的内容，我仍然在脚本中明确注明我的用户名（不太熟悉使用参数，所以也许我错了）
正如@therog1 所说，呈现 rmarkdown 文档不能有任何用户交互：所有输出都是 sink'（捕获），并且没有输入是 opened/allowed（显式 [=71 除外） =] 操作）。因此，如果您需要设置连接凭据，则需要在 呈现文档之前确定（并可选地验证）。
要将这些凭据放入 rmarkdown 文档以进行连接，我强烈建议使用参数化文档，正如已经建议的那样。虽然可以不这样做，但最好以 formal/proper 方式进行。 （对我来说，它类似于函数声明：如果您将 Rmd 文件视为一个“函数”，您希望使用特定参数调用该函数，而不是强制它假定存在 variables/data 等。在 rmarkdown-说话，“函数参数”是文档的params=。）
有几种方法可以解决这个问题；对我来说最突出的两个是：
如果在RStudio中，按照therog1的建议，可以使用
params="ask"，RStudio应该会问你参数；如果用户在 RStudio 界面中选择“使用参数编织”，这也适用。如果任何用户不使用 RStudio，此方法将不起作用。例如，这里有一个 Rmd 启动这个：
--- title: hello world params: dbuser: label: "Username" value: "" input: text dbpass: label: "Password" value: "" input: password --- ```{r echo = FALSE} con <- DBI::dbConnect(...) # using params$dbuser and params$dbpass ```当用户选择 “使用参数编织” 时，他们会看到
（https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/params-knit.html and https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-6.html 都是很好的参考资料。）
另一种方法（在 RStudio 以及其他 interactive R 接口中，包括可怕的 Rterm）是使用
keyring包（ CRAN, website, github)。一个好处是，一旦设置，用户永远不必为此报告输入用户名或密码，并且凭据 安全地 存储在 OS 特定的加密保险库中。--- title: hello world params: dbservice: companydb dbuser: null dbpass: null --- ```{r echo = FALSE} dbuser <- if (is.null(params$dbuser)) { keyring::key_list(params$dbservice)$username[1] # arbitrarily pick the first if multiple found } else params$dbuser stopifnot(length(dbuser), !is.na(dbuser)) dbpass <- if (is.null(params$dbpass)) { keyring::key_get(params$dbservice, dbuser) } else params$dbuser con <- DBI::dbConnect(...) # using dbuser and dbpass ```如果 OS 凭据保险库不是立即可用的，OS 可能会提示用户输入他们的 OS 密码（不是数据库密码）以验证保险库可以通过R代码访问。在 windows 这不是必需的，我没有在 macos/linux.
上测试过每位用户的一次性设置为：
# install.packages("keyring") # if necessary keyring::key_set("companydb", "theirusername")并且将提示用户（通过 GUI 弹出窗口 window）输入安全（隐藏的）密码。这存储在 OS keyring/credentials 保险库中。这里的字符串
"companydb"是 完全任意的 ，但必须是您同意（或强制）用户的“已知”事物。为了方便您，它需要对所有用户都相同。 （精明的用户可以使用rmarkdown::render("path/to/doc.Rmd", params=list(dbservice="otherservicename"))手动覆盖它，尽管这似乎几乎没有必要。）数据库永远不会看到它，因此它可以而且可以说应该是可读和明确的（即，特定于特定的 database/environment） . （它应该是唯一的，这样它就不会无意中覆盖用户对 OS 凭据库的其他使用。）如果任何用户将在 非 交互式环境中呈现文档（因此不能保证凭据保险库可用），那么这可能无法工作 -是。但是，这些情况通常可以使用环境变量或 https://db.rstudio.com/best-practices/managing-credentials/.
中描述的其他技巧来处理。