Fiona 未将 .shp 文件视为可识别的格式

Question

我的所有单元测试都在我的本地机器上通过了，但是当我每次创建拉取请求时都尝试使用 .yml 文件来测试它们时，有几次失败。错误消息之一的示例如下所示：

_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 

>   ???
E   fiona._err.CPLE_OpenFailedError: 'static_data/england_wa_2011_clipped.shp' not recognized as a supported file format.

fiona/_err.pyx:291: CPLE_OpenFailedError

我的 Linux .yml 文件在下面，我已经尝试更改工作目录并且它似乎是正确的。该文件没有损坏，因为它在两个虚拟机上都是一样的，我认为这是 Fiona 的问题。该文件还有一个对应的文件，用于在 Windows VM 上进行测试，但是它们发出相同的错误消息并且未通过相同的测试。

name: Python Linux application

on:
  pull_request:
    branches: [ '**' ]

jobs:
  build:

    runs-on: ubuntu-latest

    steps:
      - uses: actions/checkout@v2
      - name: Set up Python 3.8
        uses: actions/setup-python@v2
        with:
          python-version: 3.8
      - name: Install dependencies
        run: |
          python -m pip install --upgrade pip
          sudo apt-get install libproj-dev proj-data proj-bin
          sudo apt-get install libgeos-dev
          sudo apt-add-repository ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
          sudo apt-get update
          sudo apt-get install gdal-bin libgdal-dev
          pip install GDAL==3.2.3
          pip install flake8 pytest Cython numpy pyproj pygeos
          if [ -f requirements-linux.txt ]; then pip install -r requirements-linux.txt; fi
      - name: Lint with flake8
        run: |
          # stop the build if there are Python syntax errors or undefined names
          flake8 . --count --select=E9,F63,F7,F82 --show-source --statistics
          # exit-zero treats all errors as warnings. The GitHub editor is 127 chars wide
          flake8 . --count --exit-zero --max-complexity=10 --max-line-length=127 --statistics
      - name: Test with pytest
        run: |
          pytest

GitHub 回购：https://github.com/Zach10a/seedpod_ground_risk 分支是 CI.

Answer 1

您的问题是 actions/checkout@v2 操作在默认情况下不会检出使用 LFS 存储的文件。因此，虽然在您的存储库中有一个名为 static_data/england_wa_2011_clipped.shp 的文件，但其内容将如下所示：

version https://git-lfs.github.com/spec/v1
oid sha256:c60f74e3b8ed753d771378f0b03b7c8e8a84406f413a37f9f5242ac9235a2e6c
size 114084720

所以 Fiona 给了你一个准确的错误：

E   fiona._err.CPLE_OpenFailedError: 'static_data/england_wa_2011_clipped.shp' not recognized as a supported file format.

您需要指示 checkout 操作来下载存储在 LFS 中的文件：

    steps:
      - uses: actions/checkout@v2
        with:
          lfs: true

你可以找到我测试这一切的存储库 here。

Fiona 未将 .shp 文件视为可识别的格式

Fiona not seeing .shp file as a recognised format

python

shapefile

fiona

geopandas

github-actions