如何在嵌套模型的 emmeans 中使用转换后的参考网格？

Question

我一直在尝试使用对数转换的参考网格来获得 emmeans 的成对平均比率（遵循对先前问题的建议解决方案）。

但是，我有一个嵌套模型，我不知道如何让函数 confint 和 pairs 处理从嵌套模型创建的对数转换参考网格模型。这是一个使用 emmeans messy data vignette:

中的嵌套示例的示例

cows <- data.frame (
  route = factor(rep(c("injection", "oral"), c(5, 9))),
  drug = factor(rep(c("Bovineumab", "Charloisazepam", 
                      "Angustatin", "Herefordmycin", "Mollycoddle"), c(3,2,  4,2,3))),
  resp = c(34, 35, 34,   44, 43,      36, 33, 36, 32,   26, 25,   25, 24, 24)
)

cows.lm <- lm(resp ~ route + drug, data = cows)
cows.lrg <- ref_grid(cows.lm, transform="log")
#NOTE: A nesting structure was detected in the fitted model:
#    drug %in% route

confint(cows.lrg, type="response")
#Error in object@linfct[use.elts, , drop = FALSE] : 
#  (subscript) logical subscript too long

pairs(cows.lrg, type = "response", infer = c(TRUE, TRUE), adjust = "none")
#Error in x@linfct[i, , drop = FALSE] : subscript out of bounds

我做错了什么？

Answer 1

好的，我发现 regrid() 函数中有一个错误。如果你甚至做 summary(cows.lrg)，你会得到一个错误。问题是嵌套结构可能涉及参考网格中的一些“幻影”行，这些行未使用 regrid() 保留。这是一种绕过它的方法，但它并不漂亮：

cows.lrg@linfct = matrix(0, nrow = 10, ncol = 5)
cows.lrg@linfct[cows.rg@misc$display, ] = diag(5)
cows.lrg@misc$display = as.logical(cows.lrg@grid$.wgt.)

现在我们有

> summary(cows.lrg)
 route     drug           prediction SE df
 oral      Angustatin           3.53 NA  9
 injection Bovineumab           3.54 NA  9
 injection Charloisazepam       3.77 NA  9
 oral      Herefordmycin        3.24 NA  9
 oral      Mollycoddle          3.19 NA  9

Results are given on the log (not the response) scale.

不幸的是，我们仍然没有有效的协方差值，使得 SE 全部 NA。

我会努力解决这个问题，并在 GitHub 存储库中为 emmeans 更新它。可能需要一段时间；不幸的是，我今天早上刚刚将软件包的更新上传到 CRAN，根据墨菲的错误时机定律，它没有解决这个问题。

如何在嵌套模型的 emmeans 中使用转换后的参考网格？

How to use a transformed reference grid in emmeans from a nested model?

r

emmeans