如何覆盖文件？

Question

这个问题直接链接到我的“How to modify a tsv-file column with Python”问题。简而言之：我想通过将某个符号 (in_char) 更改为另一个符号 (out_char) 来覆盖 TSV 文件的第一列。为了覆盖原始文件，我想通过这样写来使用 .truncate() 方法：

with open(my_file, "r+") as mf:
    lines = [line.rstrip() for line in mf]
    for line in lines:
        line = line.replace(in_char, out_char, 1)
        mf.seek(0)
        mf.write(line)
        mf.truncate()
mf.close()

实际上文件被正确覆盖，但只覆盖了 TSV 的最后一行，所以我基本上获得了一行 TSV。

例如，如果我的 in_char 是“|”符号，我的 out_char 是“_”符号，来自我原来的 TSV：

A|circ  properties  m4  298 298 28  +   .   coverage=81;
B|circ  properties  m4  307 307 40  -   .   coverage=74;
C|circ  properties  m4  361 361 23  +   .   coverage=77;

这是我得到的：

C_circ  properties  m4  361 361 23  +   .   coverage=77;

我哪里做错了？

Answer 1

问题是您在阅读文件时正在修改文件。我建议您采用以下两种方法之一：

将整个文件读入内存，进行修改，然后将文件写回。
创建一个要写入的临时文件。一次读取输入文件一行，进行更改并将每一行写入临时文件。然后将临时文件重命名回原来的文件。

顺便说一句，我建议为此使用标准 csv 模块。特别是，DictReader 和 DictWriter 使这项任务变得简单。

Answer 2

您可以使用 pandas 加载文件并更新值：

import pandas as pd

df = pd.read_csv(input_file, sep='\t', header=None)
df[0] = df[0].str.replace('|','_')

要保存回文件：

df.to_csv(output_file, sep='\t')

假设没有 header，如果您有一个列 header，请使用它代替下标中的 0，例如 df['col1']

如何覆盖文件？

How to overwrite a file?

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csv

truncate

writefile