以节点为边属性的二分图投影

Question

我有一个二分图，我希望这个图的投影具有边属性，记录它们通过哪些节点连接。例如：

require(igraph)
set.seed(123)
g <- sample_bipartite(5, 5, p =.5)
V(g)$name <- c(letters[1:5], 1:5)
g1 <- bipartite_projection(g)[[1]]
g2 <- bipartite_projection(g)[[2]]

par(mfrow = c(1, 3))
plot(g,
     vertex.shape = ifelse(V(g)$type == FALSE, "square", "circle"),
     vertex.color = ifelse(V(g)$type == FALSE, "gold", "tomato"),
     main = "Bipartite")
plot(g1,
     main = "Projection 1")
plot(g2,
     main = "Projection 2")
par(mfrow = c(1, 1))

我希望我手动添加到图中的信息位于网络对象中。它很容易在 igraph 中完成吗？谢谢

Answer 1

首先，我制作了 as.edgelist 结果的数据框，然后用 paste0 计算了一个标签。接下来，我使用 edge_attr 命令将标签写入图形对象。

el<-igraph::as_edgelist(g);el<-as.data.frame(el)
el$lab<-paste0(el$V1,"_",el$V2)
edge_attr(g,"label")<-el$lab

E(g)$label
set.seed(232)
plot(g,
   edge.label.dist=.3,
   edge.label.color="blue",
   margin=-0.4,
   layout=layout.fruchterman.reingold)

Answer 2

与`bipartite_projection`

如果您真的不想使用 bipartite_projection，您可以尝试定义自定义函数 f，如下所示：

f <- function(gp) {
  df <- get.data.frame(gp)[1:2]
  df$lbl <- apply(
    df,
    1,
    function(v) {
      max(do.call(intersect, unname(lapply(v, function(x) names(neighbors(g, x))))))
    }
  )
  res <- graph_from_data_frame(df, directed = FALSE)
  plot(res, edge.label = E(res)$lbl)
}

f(g1)
f(g2)

这给出了

没有`bipartite_projection`

下面是一个不使用bipartite_projection的选项（以g1为例，g2可以用类似的方法得到）

g1 <- simplify(
  graph_from_data_frame(
    do.call(
      rbind,
      lapply(
        Filter(
          function(x) nrow(x) > 1,
          split(get.data.frame(g), ~to)
        ),
        function(d) {
          with(
            d,
            cbind(data.frame(t(combn(from, 2))), weight = unique(to))
          )
        }
      )
    ),
    directed = FALSE
  ),
  edge.attr.comb = "max"
)

和plot(g1, edge.label = E(g1)$weight)给出

以节点为边属性的二分图投影

Bipartite graph projection with nodes as edge attributes

r

igraph

sna

与`bipartite_projection`

没有`bipartite_projection`

以节点为边属性的二分图投影

Bipartite graph projection with nodes as edge attributes

r

igraph

sna

与bipartite_projection

没有bipartite_projection

与`bipartite_projection`

没有`bipartite_projection`