R不会在数据框中读入CSV的数值

Question

我是R初学者，还请多多包涵！我有一个读入 R 的 csv，它显示了 9 个地点不同物种的相对丰度。我正在尝试获取行的总和，但是 R 不会读取这样的数值，这将在我尝试运行 NMDS 排序分析时导致更多问题。以下是有关我的数据的一些详细信息：

class(MSBees.spp)

[1] "data.frame"

str() 打印的前几行：

str(MSBees.spp)  

'data.frame':   9 obs. of  29 variables:  
 $ X     : chr  "Site 1" "Site 2" "Site 3" "Site 4" ...  
 $ COLALG: num  0.02013 0.00997 0 0 0 ...  
 $ COLCAL: num  0 0 0 0 0 0 0 0 0  
 $ COLCON: num  0 0 0 0 0 0 0.00339 0 0  
 $ COLFUL: num  0 0 0 0 0 0.00361 0 0 0  
 $ COLOBS: num  0.00671 0.00664 0.00755 0.00292 0 ...

到目前为止我的代码是什么样的：

MSBees.spp <- read.csv("data_transposed.csv", header = TRUE)   
MSBees.env <- read.csv("data_transposed.env.csv", header = TRUE, row.names = 1)   
MSBees_PA.spp <- read.csv("data_transposed.csv", header = TRUE, row.names = 1)  
MSBees_abund.spp <- read.csv("data_transposed.csv", header = TRUE, row.names = 1)   
sum.of.rows <- apply(MSBees.spp, 1, sum)

哪个returns:
FUN(newX[ i], ...) 错误：参数 'type'（字符）无效

我试图通过以下方式将它们强制为数字：

as.numeric (MSBees.spp)

和

data.frame(lapply(MSBees.spp [2:9, 2:29], as.numeric))

但未能成功运行 apply() 功能。
我确定我只是没有正确读取 csv 或没有正确地强制它们，但就是做错了。有小费吗？请谢谢！

Answer 1

逐行求和

apply(MSBees.spp, 1, sum)

是一个问题，因为基于 str 的第一列是字符。

$ X     : chr  "Site 1" "Site 2" "Site 3" "Site 4" ...

我们需要排除第一列

apply(MSBees.spp[-1], 1, sum)

并求和或使用向量化 rowSums

rowSums(MSBees.spp[-1], na.rm = TRUE)

此外，无需将数据集重新转换为数字，因为数据已正确读取为数字列类型。此外，as.numeric 需要一个向量作为输入，其中 MSBees.spp 是一个 data.frame 即 as.numeric(MSBees.spp[[2]]) 就像一个向量一样工作

R不会在数据框中读入CSV的数值

R won't read in numeric values of CSV in data frame

csv

r

number-formatting

dataframe