基于 Seurat 对象读取计数的子集数据（FetchData 错误）

Question

我正在尝试根据感兴趣的基因计数对 Seurat 对象（称为 dNSC_cells）进行子集化。具体来说，我有一个基因列表，我计划循环遍历它们以对我的数据进行子集化并进行一些 Wilcox 测试。我目前拥有的是这样的：

pro_genes_list <- c("Bcl2", "Bid")

for (p in pro_genes_list) { 
  
  median_prog <- median(GetAssayData(dNSC_cells, slot = 'counts')[p,])
  with_p <- colnames(subset(dNSC_cells, subset = as.name(p) > median_prog))

但是，它在最后一行阻塞，并出现以下错误：

Error in FetchData(object = object, vars = unique(x = expr.char[vars.use]),  : 
  None of the requested variables were found:

我也试过使用

subset = p > median_prog

但它给出了同样的错误。非常感谢任何指点！

Answer 1

subset函数不支持变量中的基因符号，需要先提取一个dataframe。

for (p in pro_genes_list) { 
  median_prog <- median(GetAssayData(dNSC_cells, slot = 'counts')[p,])
  expr <- FetchData(object = dNSC_cells, vars = p)
  with_p <- colnames(dNSC_cells[, which(expr > median_prog)])
}

基于 Seurat 对象读取计数的子集数据（FetchData 错误）

subset data based on read counts for Seurat object (Error in FetchData)

r

subset

seurat