object of type 'closure' is not subsettable error when 运行 prcomp

Question

我正在尝试运行 r 上的 PCA，遵循我在网上找到的一些代码，但与编写代码的人不同，我得到了错误：

object of type 'closure' is not subsettable

我正在使用叶数据集，您可以在这里找到它：

http://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Leaf

这些特征是：物种、样本数、偏心率、纵横比、伸长率、坚固性、随机凸性、等周因子、最大压痕深度、裂片度、平均强度、平均对比度、光滑度、三次矩、均匀性、熵

每一列都是数字，正如我想预测的那样'Species'我不需要样本编号：

leaf_data <- leaf_data[, c(1,3:ncol(leaf_data))]

现在，为了准备训练数据，我使用了以下函数：

stratified_labels <- function(df, variable, size){
set.seed(1000)
require(sampling)
temp = df

dfCounts <- table(df[variable])
if (size > min(dfCounts)){
  size <- min(dfCounts)
  }

if (size < 1 ){
  size = ceiling(table(temp[variable])*size)
  } else if (size >=1){
      size = rep(size, times=length(table(temp[variable])))
      }

strat = strata(temp, stratanames=names(temp[variable]),
             size = size, method = 'srswor')
return(strat$ID_unit)
}

这确保每个 class 都有统一数量的代表。然后我们就可以准备训练集和测试集了：

training_set <- stratified_labels(leaf_data, 'Species', .8)
leaf_data$Species <- as.factor(leaf_data$Species)
leaf_train <- leaf_data[training_set,]
leaf_test <- leaf_data[-training_set,]

由于变量没有标准化，所以我这样写：

leaf_train_standard <- leaf_train

standardization <- function(x){
x <- (x-mean(x))/sd(x)
return(x)
}
leaf_train_standard[2:15]<-apply(leaf_train[2:15],2, standardization)

所以现在我理论上已经准备好运行 prcomp:

set.seed(1000)

pca_train <- leaf_train_standard[2:15]
pca_test <- leaf_test
pca <- prcomp[data = pca_train, center=FALSE, scale=FALSE]

但是在最后一行代码之后我得到了上面所说的错误，我真的不明白为什么。感谢任何帮助。

Answer 1

pca <- prcomp[data = pca_train, center=FALSE, scale=FALSE]

正如错误消息所示，您在这里使用了 subsetting（[…] 运算符）。你想使用 (…):

pca <- prcomp(data = pca_train, center = FALSE, scale = FALSE)

另外两条评论：

您的 standardization 功能是不必要的。只需将 center = TRUE 和 scale = TRUE 传递给 prcomp.

和don’t use require — use library instead.

object of type 'closure' is not subsettable error when 运行 prcomp

object of type 'closure' is not subsettable error when running prcomp

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