如何从数据帧创建边缘列表（展开，group_by？）

Question

我在 R 中有一个类似于以下内容的数据框：

INSTITUTION  GROUP
University1  Group1
University1  Group1
University3  Group2
University4  Group2
University1  Group2
University3  Group3

我的目的是创建一个边缘列表，以在 igraph 中创建一个网络，其中包含各自组内机构之间的所有可能连接。这个想法是关系不会重复。它看起来像这样（我假设）：

EDGE1        EDGE2       
University1  University1 # for group 1
University3  University4 # for group 2
University3  University1 # for group 2
University4  University1 # for group 2
 
# and I assume that group 3 would not have an edge represented because it is alone.

我一直在尝试弄清楚如何使用 igraph 或 tidyverse 来做到这一点，但我不确定如何去做，因为我总是以重复的对或元素结束我不需要 group3 中的 Univerisity3。

奖金问题！

设置边列表后，如何限制网络图中显示的边数？例如，我想消除所有出现次数少于 10 次的边。实际数据集很大，机构也很多

非常感谢！

Answer 1

我真的很喜欢基本的 R 解决方案，所以这就是您将从我这里得到的。这有点棘手和临时，但似乎很快就能完成工作。

out <- do.call("rbind", lapply(split(data, data$GROUP), function(d) {
   if (nrow(d) > 1) unique(do.call("rbind", combn(d$INSTITUTION, 2, simplify = FALSE)))
}))

这将原始数据按组拆分，然后在每个组内执行操作。该操作是，如果组中有多行，则采用组成员的所有成对组合（删除重复项，但不应该有任何重复项）。最后，它将所有结果绑定到一个矩阵中。

要将数据集限制为出现次数超过 10 次的边，首先，创建一个“边 ID”，然后将边 ID 制表并删除所有出现次数不超过 10 次的边。

edgeID <- do.call(paste, as.data.frame(out))
tab <- table(edgeID)
out <- out[edgeID %in% names(tab)[tab > 10],,drop = FALSE]

Answer 2

用 split + make_full_graph + get.data.frame

试试下面的代码

do.call(
  rbind,
  lapply(
    with(df, split(INSTITUTION, GROUP)),
    function(v) {
      make_full_graph(length(v)) %>%
        set_vertex_attr(name = "name", value = v) %>%
        get.data.frame()
    }
  )
)

这给出了

                from          to
Group1   University1 University1
Group2.1 University3 University4
Group2.2 University3 University1
Group2.3 University4 University1

Answer 3

你可以先构造一个二分图，然后做一个所谓的bipartite projection。

library(igraph)

df <- read.table(header=T,text=
"INSTITUTION  GROUP
University1  Group1
University1  Group1
University3  Group2
University4  Group2
University1  Group2
University3  Group3")

g <- graph_from_data_frame(df)

V(g)$type <- V(g)$name %in% df[,1]

igraph 使用 type 顶点属性来编码哪个顶点属于二分图中的哪个分区。

现在我们可以做投影了：

> bipartite_projection(g)
$proj1
IGRAPH 98f44c3 UNW- 3 2 -- 
+ attr: name (v/c), weight (e/n)
+ edges from 98f44c3 (vertex names):
[1] Group1--Group2 Group2--Group3

$proj2
IGRAPH ac701ec UNW- 3 3 -- 
+ attr: name (v/c), weight (e/n)
+ edges from ac701ec (vertex names):
[1] University1--University3 University1--University4
[3] University3--University4

这为我们提供了大学与大学之间的关系，以及两个结果图中的组与组关系。

要仅获取大学与大学之间的关系，请使用

bipartite_projection(g, which="true")

这将为您提供在 type 属性中用 TRUE 标记顶点的图形。在我们的例子中是大学。

详情请看这里：https://igraph.org/r/html/latest/bipartite_projection.html

如何从数据帧创建边缘列表（展开，group_by？）

How to create an edgelist from a dataframe (expand, group_by?)

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