如何正确地将 RGB 图像转换为漂亮的格式？

Question

我有 RGB 图像，我正在将其作为 numpy 数组加载。我想将这些图像转换成漂亮的格式，我可以使用 ITK-SNAP 打开它 (http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php)。

这是我尝试做的事情：

import nibabel as nib 
import numpy as np

x = load_jpg_image(filename='input.jpg')  # --> x is a numpy array containing the RGB image with shape (128, 128, 3) 
img = nib.Nifti1Image(x, eye(4)) 
nib.save(img, filename='output.nii')

但是，ITK-SNAP 将 output.nii 解释为 3D 灰度体积而不是 RGB 图像。对我来说，ITK-SNAP 似乎应该能够处理 RGB 数据（see this）；但是，我不明白我应该如何保存 img 才能使这成为可能。我正在使用 ITK-SNAP 3.6.0.

Answer 1

不幸的是，NIfTI 从未真正为 RGB 图像过度开发。您可以在最新的 NIfTI2 spec 中看到，定义了 RGB 和 RGBA 体素类型（RGB 每个像素 3 个字节，RGBA 4 个字节）但是我不知道有任何工具可以处理这些图像。

与您的情况不同的是，图像的尺寸是像素数，颜色通道在像素内。看起来 ITK-snap 正确显示彩色 NIfTI 图像 from version 2 -- 我猜他们遵循这种格式。

Answer 2

您似乎可以通过将它们转换为自定义数据类型来创建 RGB 图像：

import nibabel as nib 
import numpy as np

RGB_DTYPE = np.dtype([('R', 'u1'), ('G', 'u1'), ('B', 'u1')])

x = load_jpg_image(filename='input.jpg')  # --> x is a numpy array containing the RGB image with shape (128, 128, 3) 

# cast to custom type:
x = x.copy().view(dtype=RGB_DTYPE)  # copy used to force fresh internal structure

img = nib.Nifti1Image(x, eye(4)) 
nib.save(img, filename='output.nii')

ITK-SNAP 可以通过在左侧面板上右键单击图像名称并选择选项：多分量显示 -> RGB 来处理此类图像。

如何正确地将 RGB 图像转换为漂亮的格式？

How to correctly convert RGB images into nifty format?

python

rgb

python-3.x

nifti

nibabel