如何从源代码将c++程序安装到conda环境中

Question

我想编译然后使用科学项目 BASS，它作为 c++ 源代码在 github 上分发。我已经设置了一个 conda 环境 bass 来保存与 BASS 相关的所有内容，我想将 BASS 编译到这个环境中（这样如果我删除环境，它就会被干净地删除）。

我不知道我是否应该使用 conda-build 或 make 来执行此操作。有一个随项目分发的Makefile，但我认为它可能有错误。

我最近的尝试如下：（源文件在 code/ 和 gsl 似乎是一个依赖项）：

conda create -n bass
conda activate bass
conda install make
conda install gsl
cd code/  
make

我得到以下信息：

gcc -c main.cpp -I../Libs/GSL/include/ -I./
main.cpp:19:10: fatal error: 'gsl/gsl_statistics.h' file not found
#include <gsl/gsl_statistics.h>
         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
1 error generated.
make: *** [Makefile:11: main.o] Error 1

我的问题：

我应该用 make 做这个吗？
我需要在我的 conda 环境中安装 gcc/g++/cxx-compiler 吗？
Makefile 中写着“-I../Libs/GSL/include/”的地方是否正确

谢谢！

Answer 1

根据您所写的内容，正确的方法是构建 conda 配方。通过编写配方，conda 知道删除环境时要删除的内容。

配方是一个文本文件（meta.yaml 文件），您可以在其中编写一些描述包的元数据、定义依赖项并编写一个简短的构建脚本来执行 make 文件并将二进制文件安装到正确的位置.定义编译环境可能并不简单，您应该遵循您尝试安装的包的文档。如果包代码（包括 makefile）有问题，conda 无法帮助您。

请参阅有关如何编写配方的文档： https://docs.conda.io/projects/conda-build/en/latest/concepts/recipe.html

完成食谱后，您将运行 conda build 和 conda install -c [path to the build] [the package name]（我写这篇文章是因为我花了很长时间才意识到如何正确安装本地包。）

Answer 2

这是一个非常基本的 Conda 包配方。创建一个文件夹（比如recipe）并在其中放入以下两个文件：

meta.yaml

package:
  name: bass
  version: 0.1  # this is totally arbitrary (there are no versions)

source:
  git_url: https://github.com/judyboon/BASS.git

requirements:
  build:
    - {{ compiler('cxx') }}
  host:
    - gsl
  run:
    - gsl

about:
  home: https://github.com/judyboon/BASS
  license: GPL-3.0-only
  license_file: COPYING
  license_family: GPL

build.sh

#!/bin/bash                                                                                                                                                                                                                                   

## change to source dir                                                                                                                                                                                                                       
cd ${SRC_DIR}/code

## compile                                                                                                                                                                                                                                    
${CXX} -c main.cpp *.cpp -I./ ${CXXFLAGS}

## link                                                                                                                                                                                                                                       
${CXX} *.o -o BASS -lgsl -lgslcblas -lm ${LDFLAGS}

## install                                                                                                                                                                                                                                    
mkdir -p $PREFIX/bin
cp BASS ${PREFIX}/bin/BASS

然后您可以在该目录中使用 conda build .、运行构建它。

正在安装

成功构建后，您可以使用

创建安装此包的环境

conda create -n foo --use-local bass

由于我使用的是 Intel 架构，并且此工具使用 CBLAS，因此我将进一步指定使用 MKL：

conda create -n foo --use-local bass blas=*=*mkl

现在，如果您激活环境 foo（这是一个任意名称），该软件将位于 PATH 上，在二进制 BASS.

下

补充说明

我验证了这个在 osx-64 平台上的工作，conda-forge 通道优先。

代码附带的 Makefile 不是很通用。在这里，我们只是让它编译所有 .cpp 个文件，然后 link 所有 .o 个文件。

存储库中没有任何版本，因此 meta.yaml 中的版本控制是任意的。

build.sh 将最终输出二进制文件定义为 BASS - 可以更改，并且不同于将二进制文件输出为 main.

的原始 Makefile

如何从源代码将c++程序安装到conda环境中

How to install c++ program into conda environment from source

c++

makefile

conda

正在安装

补充说明