hdf5 规范中定义的缺失属性和组 h5md 中的元数据是什么？

Question

我有一个 hdf5 格式的文件 Data File 包含分子动力学模拟数据。为了快速检查，h5ls 工具很方便。例如：

h5ls -d xaa.h5/particles/lipids/positions/time | less

现在我的问题是基于我收到的关于数据格式的评论！根据组中的 hdf5 规范和元数据缺少哪些属性？

Answer 1

您是否尝试从数据集中获取时间属性的值？如果是这样，您需要使用 h5dump，而不是 h5ls。而且，属性附加到每个数据集，因此您必须在路径中包含数据集名称。最后，属性名称区分大小写； Time != time。这是 dataset_0000 所需的命令（对 0001 至 0074 重复）：

h5dump -d /particles/lipids/positions/dataset_0000/Time xaa.h5

您还可以使用 Python 代码获取属性。下面的简单示例：

import h5py 
with h5py.File('xaa.h5','r') as h5f:
    for ds, h5obj in h5f['/particles/lipids/positions'].items():
        print(f'For dataset={ds}; Time={h5obj.attrs["Time"]}')

hdf5 规范中定义的缺失属性和组 h5md 中的元数据是什么？

What are missing attributes as defined in the hdf5 specification and metadata in group h5md?

metadata

hdf5

h5py