仅缓存 sklearn 流水线中的一个步骤

Question

我想在我的 sklearn 管道中使用 UMAP，我想缓存该步骤以加快速度。但是，由于我有自定义 Transformer，the suggested method 不起作用。

示例代码：

from sklearn.preprocessing import FunctionTransformer
from tempfile import mkdtemp
from sklearn.pipeline import Pipeline
from umap import UMAP
from hdbscan import HDBSCAN
import seaborn as sns

iris = sns.load_dataset("iris")
X = iris.drop(columns='species')
y = iris.species

@FunctionTransformer
def transform_something(iris):
    iris = iris.copy()
    iris['sepal_sum'] = iris.sepal_length + iris.sepal_width
    return iris

cachedir = mkdtemp()
pipe = Pipeline([
                 ('transformer', transform_something),
                 ('umap', UMAP()),
                 ('hdb', HDBSCAN()),
                ],
                memory=cachedir
            )

pipe.fit_predict(X)

如果你运行这个，你会得到一个PicklingError，说它不能腌制自定义转换器。但我只需要缓存 UMAP 步骤。有什么建议可以让它发挥作用吗？

Answer 1

不是最干净的，但您可以嵌套管道吗？

pipe = Pipeline(
    [
        ('transformer', transform_something),
        ('the_rest', Pipeline([
            ('umap', UMAP()),
            ('hdb', HDBSCAN()),
        ], memory=cachedir))
    ]
)

Answer 2

同样有效的是，不使用 FunctionTransformer，而是像这样从头开始编写您的自定义转换函数：

from sklearn.base import BaseEstimator, TransformerMixin

class transform_something(BaseEstimator, TransformerMixin):
    def __init__(self):
        pass
        
    def fit(self, X):
        return self

    def transform(self, X):
        X = X.copy()
        X['sepal_sum'] = X.sepal_length + X.sepal_width
        return X

不幸的是代码有点多，但它是可腌制的。

仅缓存 sklearn 流水线中的一个步骤

Cache only a single step in sklearn's Pipeline

python

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pickle