在 gtsummary 中添加 OR，使用 beta/log(OR) 和 SE

Question

我想在下面的 table 中的 log(OR) 之前添加 OR:

library(tidyverse)
library(gtsummary)

dat <- 
  iris %>% 
  filter(Species != "setosa") 
  
glm(Species ~ ., family = binomial(), data = dat) %>% 
  tbl_regression() %>% 
  modify_column_hide(columns = ci) %>% 
  modify_column_unhide(columns = std.error)

有想法还是不可能？谢谢

Answer 1

您可以使用 modify_table_body() 通过 OR 添加新列。添加新列后，您需要添加一个列 header 并向 style/format 新列指定一个函数。

library(tidyverse)
library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.4.2'
dat <- 
  iris %>% 
  filter(Species != "setosa") 

tbl <-
  glm(Species ~ ., family = binomial(), data = dat) %>% 
  tbl_regression() %>% 
  # add OR to `.$table_body`
  modify_table_body(
    ~.x %>%
      mutate(estimate_exp = exp(estimate), .before = estimate)
  ) %>%
  # style new column with header and formatting function
  modify_header(estimate_exp ~ "**OR**") %>%
  modify_fmt_fun(estimate_exp ~ style_sigfig) %>%
  # hide CI and show SE
  modify_column_hide(columns = ci) %>% 
  modify_column_unhide(columns = std.error)

^{由 reprex package (v2.0.1)}

于 2021-09-18 创建

在 gtsummary 中添加 OR，使用 beta/log(OR) 和 SE

Add OR, with beta/log(OR), and SE in gtsummary

r

gtsummary