轴错误（side = side，at = at，labels = labels，...）：为图形参数指定的值无效 "pch"

Question

我已经在 R 中的内置数据集 iris 上应用了 DBSCAN 算法。但是当我尝试使用 plot( ) 可视化输出时出现错误。

以下是我的代码。

library(fpc)
library(dbscan)


data("iris")
head(iris,2)


data1 <- iris[,1:4]
head(data1,2)

set.seed(220)
db <- dbscan(data1,eps = 0.45,minPts = 5)

table(db$cluster,iris$Species)

plot(db,data1,main = 'DBSCAN')

Error: Error in axis(side = side, at = at, labels = labels, ...) : invalid value specified for graphical parameter "pch"

如何纠正这个错误？

Answer 1

我在下面有一个建议，但首先我看到两个问题：

您正在加载两个包，fpc 和 dbscan，它们都具有名为 dbscan() 的不同函数。这可能会在以后产生棘手的错误（例如，如果您更改加载包的顺序，不同的函数将是运行）。
不清楚您要绘制什么，x 轴或 y 轴应该是什么，或者绘图的类型。函数 plot() 通常采用 x 轴的值向量和 y 轴的值向量（尽管并非总是如此，请参考 ?plot），但在这里你传递给它一个 data.frame 和一个 dbscan 对象，它不知道如何处理它。

这是实现它的一种方法，使用 ggplot() 制作散点图，并使用 dplyr 一些方便的函数：

# load our packages
# note: only loading dbscacn, not loading fpc since we're not using it
library(dbscan)
library(ggplot2)
library(dplyr)

# run dbscan::dbscan() on the first four columns of iris
db <- dbscan::dbscan(iris[,1:4],eps = 0.45,minPts = 5)

# create a new data frame by binding the derived clusters to the original data
# this keeps our input and output in the same dataframe for ease of reference
data2 <- bind_cols(iris, cluster = factor(db$cluster))

# make a table to confirm it gives the same results as the original code
table(data2$cluster, data2$Species)

# using ggplot, make a point plot with "jitter" so each point is visible
# x-axis is species, y-axis is cluster, also coloured according to cluster
ggplot(data2) +
  geom_point(mapping = aes(x=Species, y = cluster, colour = cluster),
             position = "jitter") +
  labs(title = "DBSCAN")

这是它生成的图像：

如果您正在寻找其他内容，请更具体地说明最终情节应该是什么样子。

轴错误（side = side，at = at，labels = labels，...）：为图形参数指定的值无效 "pch"

Error in axis(side = side, at = at, labels = labels, ...) : invalid value specified for graphical parameter "pch"

visualization

r

dbscan