在 R 中使用 lapply 和 summarytools::ctable 生成多个交叉表

Question

我有类似于下面调用的 NHANES 数据的数据。我想做的是遍历几个变量的列表来创建交叉表。我想坚持使用 summarytools::ctable 包，因为我想调用 chisq 参数。然而，很高兴使用另一种方法，只要 chisquare 是一个选项并且我仍然可以删除 NAs。

这是目前有效的方法。我能够使用下面的函数生成简单的频率。但是，我希望在频率 table 之前打印变量的名称。该函数首先打印所有变量名，然后继续生成频率，这是我正在努力解决的问题 #1：

library(RNHANES)
library(summarytools)

smk <- nhanes_load_data("SMQ_H", "2013-2014")

vars <- c("SMQ040", "SMD093")

ctabs <- function(i) {
  print(i)
  summarytools::freq(smk[,i]) 
}

lapply(vars, ctabs)

下一个问题是将其扩展到ctable。该函数有效但打印 smk[i] 而不是列表中的变量名，这并不理想。

ctabs2 <- function(i) {
  summarytools::ctable(smk[,i], smk$SMQ020, chisq=T, useNA = "no") 
}

lapply(vars, ctabs2)

嗯，实际上，当我用自己的数据尝试时，我得到了错误信息：

错误：无法对不存在的列进行子集化。 x 位置 2 不存在。 ℹ只有1列。

尽管这些列确实存在，因为简单的频率函数可以正常工作。看起来函数的编写方式，ctable 不识别变量。

Answer 1

要解决第一个问题，请使用 for 循环。

vars <- c("SMQ040", "SMD093")

ctabs <- function(i) {
  print(i)
  summarytools::freq(smk[,i]) 
}

result <- vector('list', length(vars))
for(i in seq_along(vars)) {
  result[[i]] <- ctabs(vars[i])
  print(result[[i]])
}

#[1] "SMQ040"
#Frequencies  

#              Freq   % Valid   % Valid Cum.   % Total   % Total Cum.
#----------- ------ --------- -------------- --------- --------------
#          1    992     38.46          38.46     13.84          13.84
#          2    240      9.31          47.77      3.35          17.19
#          3   1347     52.23         100.00     18.79          35.98
#       <NA>   4589                              64.02         100.00
#      Total   7168    100.00         100.00    100.00         100.00
#[1] "SMD093"
#Frequencies  

#              Freq   % Valid   % Valid Cum.   % Total   % Total Cum.
#----------- ------ --------- -------------- --------- --------------
#          1    829     67.29          67.29     11.57          11.57
#          2    280     22.73          90.02      3.91          15.47
#          3     69      5.60          95.62      0.96          16.43
#          4     54      4.38         100.00      0.75          17.19
#       <NA>   5936                              82.81         100.00
#      Total   7168    100.00         100.00    100.00         100.00

第二个使用 ctable 函数的 dnn 参数。

ctabs2 <- function(i) {
  summarytools::ctable(smk[[i]], smk$SMQ020, chisq=T, useNA = "no", dnn = c(i, 'SMQ020')) 
}

lapply(vars, ctabs2)

在 R 中使用 lapply 和 summarytools::ctable 生成多个交叉表

Generating multiple crosstabs with lapply and summarytools::ctable in R

r

crosstab

lapply

summarytools