将字符串作为文字传递以创建图形对象

Question

我们可以传递文字来制作如下图：

# R version 4.0.2 (2020-06-22)
library(igraph) # igraph_1.2.6

graph_from_literal(A-B)
# IGRAPH 7e5604a UN-- 2 1 -- 
# + attr: name (v/c)
# + edge from 7e5604a (vertex names):
#   [1] A--B

原以为传递字符串会起作用，但事实并非如此。（这是一个小例子"A-B"，想象一个很长的复杂字符串）：

graph_from_literal("A-B")
# IGRAPH 8b32703 UN-- 1 0 -- 
# + attr: name (v/c)
# + edges from 8b32703 (vertex names):

# objects are not the same
identical_graphs(graph_from_literal(A-B),
                 graph_from_literal("A-B"))
# [1] FALSE

要么我使用了错误的函数，要么我需要另一个函数来删除引号。 cat、noquote 无效。想法？

编辑 1： 我想避免字符串操作：将“A-B”拆分为“from”和“to”，然后使用 graph_from_dataframe。例如，拆分为 2 列对于 "A-B-C".

的简单输入不起作用

编辑 2： 动机来自我认为我可以使用 igraph 包作为解决方案。我用破折号替换了点，想将该字符串转换为图形对象，但意识到 literal 不喜欢字符串输入。

那么更长的问题：我如何将下面的内容转换为图形对象？

# input
c('0.1', '0.1.1', '0.1.2', '0.11', '0.12', '0.11.1', '0.12.1', '0.12.2')

# expected output:
graph_from_literal(0-1, 0-1-1, 0-1-2, 0-11, 0-12, 0-11-1, 0-12-1, 0-12-2)
# IGRAPH 0792a00 UN-- 5 7 -- 
# + attr: name (v/c)
# + edges from 0792a00 (vertex names):
#   [1] 0--1  0--11 0--12 1--2  1--11 1--12 2--12

编辑 3： 现在有一个相关的开放 GitHub issue 475 来解决此功能。

Answer 1

您可以制作一个每行一条边的数据框：

library(tidyverse)
library(igraph)
#> 
#> Attaching package: 'igraph'
#> The following objects are masked from 'package:dplyr':
#> 
#>     as_data_frame, groups, union
#> The following objects are masked from 'package:purrr':
#> 
#>     compose, simplify
#> The following object is masked from 'package:tidyr':
#> 
#>     crossing
#> The following object is masked from 'package:tibble':
#> 
#>     as_data_frame
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     decompose, spectrum
#> The following object is masked from 'package:base':
#> 
#>     union

list("A-B", "A-C") %>%
  tibble(edge = .) %>%
  unnest(edge) %>%
  separate(edge, into = c("from", "to"), sep = "-") %>%
  graph_from_data_frame(directed = FALSE)
#> IGRAPH 011a563 UN-- 3 2 -- 
#> + attr: name (v/c)
#> + edges from 011a563 (vertex names):
#> [1] A--B A--C

^{由 reprex package (v2.0.1)}

于 2021-09-20 创建

Answer 2

用逗号分割输入，解析成表达式调用内部graph_from_literal_i。没有使用 igraph 以外的包。

graph_from_string <- function(x) {
  e <- str2expression(strsplit(x, ",")[[1]])
  do.call(igraph:::graph_from_literal_i, list(e))
}

# test 1
graph_from_string("A-B")
## IGRAPH 063d605 UN-- 2 1 -- 
## + attr: name (v/c)
## + edge from 063d605 (vertex names):
## [1] A--B

# test 2 - a more complex example
graph_from_string("A-B-C, D-E")
## IGRAPH b155b39 UN-- 5 3 -- 
## + attr: name (v/c)
## + edges from b155b39 (vertex names):
## [1] A--B B--C D--E

如果输入中没有逗号，那么这个一行也可以：

do.call("graph_from_literal", list(parse(text = "A-B")[[1]]))
## IGRAPH dad0219 UN-- 2 1 -- 
## + attr: name (v/c)
## + edge from dad0219 (vertex names):
## [1] A--B

Answer 3

也许我们可以这样做

> x <- "A-B-C, D-E"

> eval(str2lang(sprintf("graph_from_literal(%s)", x)))
IGRAPH ab43602 UN-- 5 3 -- 
+ attr: name (v/c)
+ edges from ab43602 (vertex names):
[1] A--B B--C D--E

将字符串作为文字传递以创建图形对象

Pass a string as literal to create a graph object

r

igraph