如何向 stellargraph 数据集添加新边？

Question

我需要使用 stellargraph 向 Cora 数据集添加一些额外的边。有没有办法将边添加到 stellargraph 库中的当前数据集？

import stellargraph as sg
dataset = sg.datasets.Cora()

例如在 NetworkX 中，我们可以使用 add_edges_from(edgelist).

向现有图形添加一些边

Answer 1

自 0.9 版起，您无法直接从 stellargraph 执行此操作。您必须使用 .to_networkx() 将其转换回 networkX 格式，添加边，然后将其转换回 stellargraph。

from stellargraph import StellarGraph
import networkx as nx

g = StellarGraph.to_networkx(dataset)
g.add_edges_from(edgelist)
new_dataset = StellarGraph.from_networkx(g)

Answer 2

我最近运行遇到了类似的情况，无法将 back-and-forth 格式转换为 networkx 格式。具体来说，由于 StellarGraph 应该能够存储比 networkx 大得多的图形，所以会有一个点无法进行转换。

为了解决这个问题，我使用了 the numpy loading capabilities of StellarGraph 1.2.1。

使用 StellarGraph，您可以将带有 edge_arrays() 的边数组转储到 pandas，然后将任何需要的边连接到它上面。它比 memory-wise 轻得多，因为 pandas 和 StellarGraph 都比 networkx.

表现更好

这是一个简短的例子：

import pandas as pd
from stellargraph import IndexedArray, StellarGraph

#### original data / graph

nodes = IndexedArray(index=['a', 'b', 'c', 'd'])
original_edges = pd.DataFrame(
    {
        'source' : [0, 1, 2, 3, 0],
        'target' : [1, 2, 3, 0, 2]
    }
)
original_graph = StellarGraph(
    nodes, 
    original_edges
)

#### new data

new_edges = pd.DataFrame(
    {
        'source' : [3, 3],
        'target' : [1, 2]
    }
)

#### new graph

new_graph = StellarGraph(
    nodes, 
    pd.concat(
        [
            original_edges,
            new_edges
        ],
        ignore_index=True
    )
)

如何向 stellargraph 数据集添加新边？

How to add new edges to the stellargraph dataset?

python

pandas

dataframe

networkx

stellargraph