snakemake --profile PROFILE_NAME --dry-运行结果为 "No config.yaml found"，尽管配置文件位于 .config/snakemake 下

Question

我最近使用 Snakemake-Profiles/slurm 上的指南创建了一个 snakemake 配置文件。我能够成功安装配置文件，并且在直接调用路径时它确实有效。但是，当使用配置文件名称时，出现以下错误：

Error: profile given but no config.yaml found. Profile has to be given as either absolute path, relative path or name of a directory available in either /etc/xdg/snakemake or /home/GROUP/USERNAME/.config/snakemake.

我确实在~/.config/snakemake下安装了配置文件。这是这个目录的树：

/home/GROUP/USERNAME/.config/snakemake
.
└── slurm
    ├── cluster_config.yaml
    ├── config.yaml
    ├── CookieCutter.py
    ├── __pycache__
    │   ├── CookieCutter.cpython-39.pyc
    │   └── slurm_utils.cpython-39.pyc
    ├── settings.json
    ├── slurm-jobscript.sh
    ├── slurm-status.py
    ├── slurm-submit.py
    └── slurm_utils.py

2 directories, 10 files

我可以在运行 snakemake 时继续指定这个配置文件的路径，但是简单地给它指定配置文件的名称会很有用。有没有人碰巧知道为什么 snakemake 似乎没有发现配置文件 slurm 存在？

感谢您的帮助！

编辑：我使用的命令是snakemake --profile slurm

Answer 1

我已经通过在 conda 环境中安装 snakemake 并重新安装配置文件解决了我的问题。我不确定是 conda 环境还是配置文件重新安装解决了我的问题

snakemake --profile PROFILE_NAME --dry-运行 结果为 "No config.yaml found"，尽管配置文件位于 .config/snakemake 下

snakemake --profile PROFILE_NAME --dry-run results in "No config.yaml found", despite profile being located under .config/snakemake

slurm

snakemake

snakemake --profile PROFILE_NAME --dry-运行结果为 "No config.yaml found"，尽管配置文件位于 .config/snakemake 下