在 Complex Upset 中通过设置颜色手动为点着色

Question

我想使用 ComplexUpset 包创建 UpSet 图。我想手动为交集矩阵中的点着色以匹配集合的颜色。

以下是我到目前为止所做的尝试：

movies <- read.csv( system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), header=T, sep=";" )

ComplexUpset::upset(movies, colnames(movies)[3:5], name='genre', width_ratio=0.1, 
  matrix=(intersection_matrix(geom=geom_point()) +
            scale_color_manual(values = c('Action'='red', 'Adventure'='blue', 'Children'='yellow'))), 
  queries=list(upset_query(set='Action', fill='red'),
               upset_query(set='Adventure', fill='blue'),
               upset_query(set='Children', fill='yellow')))

添加 scale_color_manual 只会导致绘制额外的点图例，这是我不想要的。我希望在交集矩阵本身中，'Action' 的点为红色，'Adventure' 的点为蓝色，'Children' 的点为黄色。连接点的线段应保持黑色。

Answer 1

这些点不会改变颜色，因为您将 fill（不是 color）传递给 upset_query；如果愿意，您可以继续使用 fill，但在这种情况下，您还需要更改点的形状，以便它们具有要填充的区域，这可以使用 shape='circle filled' 来完成（还有其他形状也是！）。

同样，scale_color_manual 在普通的 ggplot2 中不是一个完美的选择，但考虑到它被 ComplexUpset 覆盖，这实际上是一个好主意，但您需要自定义 override.aes 以使其按预期显示。

library(ComplexUpset)
library(ggplot2)

upset(
    movies,
    colnames(movies)[3:5],
    name='genre',
    width_ratio=0.1,
    matrix=(
        intersection_matrix(geom=geom_point(shape='circle filled', size=3))
        + scale_color_manual(
            values=c('Action'='red', 'Adventure'='blue', 'Children'='yellow'),
            guide=guide_legend(override.aes=list(shape='circle'))
        )
    ),
    queries=list(
        upset_query(set='Action', fill='red'),
        upset_query(set='Adventure', fill='blue'),
        upset_query(set='Children', fill='yellow')
    )
)

或者，您可以简单地传递 color 除了 fill，但我认为 fill 选项提供更好的视觉效果。

在 Complex Upset 中通过设置颜色手动为点着色

Manual coloring of dots by set color in Complex Upset

r

upsetr