如何在 python 中使用 glob 函数获取文件的名称？

Question

我在目录中有一些文件： SRR01231_1.fastq SRR01231_2.fastq SRR01232_1.fastq SRR01232_2.fastq SRR01233_1.fastq SRR01233_2.fastq

我正在编写一个 snakemake 工作流程来对这些文件进行一些分析。为此，我需要该目录中文件的名称。我试图通过 glob 函数获取它们。我无法正确使用 glob 函数。

我写的示例代码：

import glob
srr, fr = glob.glob({id}+'_'+{int}+'fastq')

我期望的输出是，id（即 SRR1231）被保存到 srr，后面的 int 被保存为 fr。

是否可以使用其他功能来做同样的事情？

如有任何建议或帮助，我们将不胜感激。

Answer 1

您可以使用 pathlib.Path 及其 glob 方法来解析此类信息：

import pathlib

fastq_paths = pathlib.Path("/path/to/your/fastq-files").glob("*.fastq")

for path in fastq_paths:
    srr, fr = path.stem.split("_")
    print(srr, fr)

如何在 python 中使用 glob 函数获取文件的名称？

How to get the names of the files using glob function in python?

python

snakemake