How to run singularity container on HPC cluster? - ERROR : Failed to create user namespace: user namespace disabled

Question

我正在尝试在 hpc 集群上启动奇点容器。我一直在本地运行设置 projectNetv2.sif 和沙箱，没有任何问题。将它们导出到 hpc 后，出现以下错误。

(singularity) [me@hpc Project]$ ls
examples  projectnet_image_v2.tar.gz  projectnet_sandboxv2  projectNetv2.sif
(singularity) [me@hpc Project]$ singularity run projectNetv2.sif
INFO:    Converting SIF file to temporary sandbox...
FATAL:   while extracting SimNetv21.sif: root filesystem extraction failed: extract command failed: ERROR  : Failed to create user namespace: user namespace disabled
: exit status 1

##Attempting to run sandbox
(singularity) [me@hpc Project]$ singularity run projectnet_sandboxv2/
ERROR  : Failed to create user namespace: user namespace disabled

谁能告诉我如何启用用户名space？或者运行没有用户名的 sif space 因为我没有 sudo 权限。

Answer 1

简答：

请您的 HPC 管理员安装 Singularity

更长的答案：

有两种安装 Singularity 的方法，一种是特权安装，另一种是非特权/用户命名空间安装。第一种方式是默认方式，但某些操作需要 sudo/root（主要是 singularity build）。后者消除了对 root 的需要，但有 other system requirements。可能需要额外的 OS 配置才能使 Singularity 按预期运行。

除了 privileged/unprivileged 安装之外，集群中的磁盘存储通常在 NFS 或另一个 networked/distributed 文件系统上，因此所有节点都可以访问相同的数据。不幸的是，与任何时候涉及的情况一样，NFS 很可能是导致您出现问题的原因。 Singularity relies on SUID for its core functionality，但出于（非常好的）安全原因，默认情况下在 NFS 上禁用 SUID。集群管理员不太可能启用该选项，因此最好的办法是让他们在您需要的任何 computer/interactive 个节点上本地安装它。

How to run singularity container on HPC cluster? - ERROR : Failed to create user namespace: user namespace disabled

How to run singularity container on HPC cluster? - ERROR : Failed to create user namespace: user namespace disabled

sudo

hpc

docker

dockerfile

singularity-container