R 和 sra 工具包 - 奇怪的 system() 行为
R and sra toolkit - odd system() behavior
为了从 NCBI 的序列读取存档中提取一些 fastq 数据，我已经为 Windows 下载并安装了 sra toolkit。为了测试它是否设置正确，我打开 cmd，导航到目录并输入命令 fasterq-dump --split-files SRR7647019。它按预期下载文件 SRR7647019.sra 并将其拆分为 fastq 文件。
然后我在 RStudio 中尝试了相同的命令，将 system() 命令包裹在它周围：system(fasterq-dump --split-files SRR7647019)。但是，R总是returns
An error occured: unrecognized tool FASTER~2.EXE
If this continues to happen, please contact the SRA Toolkit at https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/
以及数字 75（可能是错误代码）。
知道为什么我无法从 R 中 运行 fasterq-dump.exe 吗？怎么解决的？
非常感谢提前提出建议！
有时它有助于显式调用终端 shell 以绕过可能被 RStudio 覆盖的环境变量：
system("cmd.exe /k fasterq-dump --split-files SRR7647019")
再次尝试整个过程，但这次使用 fasterq-dump-orig：system(fasterq-dump --split-files SRR7647019)。你猜怎么着……它起作用了！尽管如此，很高兴知道为什么我能够从 R 中执行 fasterq-dump-orig 而不是 fasterq-dum ...
为了从 NCBI 的序列读取存档中提取一些 fastq 数据，我已经为 Windows 下载并安装了 sra toolkit。为了测试它是否设置正确，我打开 cmd，导航到目录并输入命令 fasterq-dump --split-files SRR7647019。它按预期下载文件 SRR7647019.sra 并将其拆分为 fastq 文件。
然后我在 RStudio 中尝试了相同的命令，将 system() 命令包裹在它周围：system(fasterq-dump --split-files SRR7647019)。但是，R总是returns
An error occured: unrecognized tool FASTER~2.EXE If this continues to happen, please contact the SRA Toolkit at https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/
以及数字 75（可能是错误代码）。
知道为什么我无法从 R 中 运行 fasterq-dump.exe 吗？怎么解决的？
非常感谢提前提出建议！
有时它有助于显式调用终端 shell 以绕过可能被 RStudio 覆盖的环境变量：
system("cmd.exe /k fasterq-dump --split-files SRR7647019")
再次尝试整个过程，但这次使用 fasterq-dump-orig：system(fasterq-dump --split-files SRR7647019)。你猜怎么着……它起作用了！尽管如此，很高兴知道为什么我能够从 R 中执行 fasterq-dump-orig 而不是 fasterq-dum ...