如何在 rblast 中 运行 blastp？
How to run blastp in rblast?
我正在尝试将 rBlast 用于蛋白质序列，但不知何故它不起作用。它适用于核苷酸序列但对于蛋白质它只是没有 return 任何匹配（我使用了搜索数据集中的序列，所以不可能没有匹配）。在描述中它代表“这包括 blastn、blastp、blastx 的接口......”但在 R studio 的帮助文件中它说“描述从 blast+ 执行 blastn”。有人 运行 rBlast 蛋白质吗？
这是我运行:
listF<-list.files("Trich_prot_fasta/")
fa<-paste0("Trich_prot_fasta/",listF[i])
makeblastdb(fa, dbtype = "prot", args="")
bl <- blast("Trich_prot_fasta/Tri5640_1_GeneModels_FilteredModels1_aa.fasta", type="blastp")
seq <- readAAStringSet("NDRkinase/testSeq.txt")
cl <- predict(bl, seq)
结果：
> cl <- predict(bl, seq)
Warning message: In predict.BLAST(bl, seq) : BLAST did not return a
match!
尝试重现错误，但在我的系统上一切正常（macOS BigSur 11.6 / R v4.1.1 / Rstudio v1.4.1717）。
鉴于你的 blastn 是成功的，也许你正在为你的蛋白质 fasta 参考数据库组合多个 fasta 文件？如果是这种情况，请尝试将它们连接在一起，并在制作 blastdb 时使用文件路径而不是 R 对象（“fa”）。或者也许：
makeblastdb(file = "Trich_prot_fasta/Tri5640_1_GeneModels_FilteredModels1_aa.fasta", type = "prot)
而不是：
makeblastdb(fa, dbtype = "prot", args="")
此外，请编辑您的问题以包含 sessionInfo() 的输出（可能有助于缩小范围）。
library(tidyverse)
#BiocManager::install("Biostrings")
#devtools::install_github("mhahsler/rBLAST")
library(rBLAST)
# Download an example fasta file:
# https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/reference_proteomes/Eukaryota/UP000001542/UP000001542_5722.fasta.gz
# Grab the first fasta sequence as "example_sequence.fasta"
listF <- list.files("~/Downloads/Trich_example", full.names = TRUE)
listF
#> [1] "~/Downloads/Trich_example/UP000001542_5722.fasta"
#> [2] "~/Downloads/Trich_example/example_sequence.fasta"
makeblastdb(file = "~/Downloads/Trich_example/UP000001542_5722.fasta", dbtype = "prot")
bl <- blast("~/Downloads/Trich_example/UP000001542_5722.fasta", type = "blastp")
seq <- readAAStringSet("~/Downloads/Trich_example/example_sequence.fasta")
cl <- predict(bl, seq)
cl
#> QueryID SubjectID Perc.Ident Alignment.Length
#> 1 Example_sequence_1 tr|A2D8A1|A2D8A1_TRIVA 100.000 694
#> 2 Example_sequence_1 tr|A2E4L0|A2E4L0_TRIVA 64.553 694
#> 3 Example_sequence_1 tr|A2E4L0|A2E4L0_TRIVA 32.436 669
#> 4 Example_sequence_1 tr|A2D899|A2D899_TRIVA 64.344 488
#> 5 Example_sequence_1 tr|A2D899|A2D899_TRIVA 31.004 458
#> 6 Example_sequence_1 tr|A2D899|A2D899_TRIVA 27.070 314
#> 7 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 54.915 468
#> 8 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 33.691 653
#> 9 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 32.936 671
#> 10 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 29.969 654
#> 11 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 26.694 487
#> 12 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 25.000 464
#> 13 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 39.106 716
#> 14 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 30.724 677
#> 15 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 29.257 417
#> 16 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 23.438 640
#> 17 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 22.981 718
#> 18 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 24.107 112
#> 19 Example_sequence_1 tr|A2FI39|A2FI39_TRIVA 33.378 740
#> 20 Example_sequence_1 tr|A2FI39|A2FI39_TRIVA 31.440 722
#> Mismatches Gap.Openings Q.start Q.end S.start S.end E Bits
#> 1 0 0 1 694 1 694 0.00e+00 1402.0
#> 2 243 2 1 692 163 855 0.00e+00 920.0
#> 3 410 15 22 671 1 646 3.02e-94 312.0
#> 4 173 1 205 692 1 487 0.00e+00 644.0
#> 5 308 7 22 476 1 453 3.55e-55 198.0
#> 6 196 5 13 294 173 485 4.12e-25 110.0
#> 7 211 0 1 468 683 1150 8.48e-169 514.0
#> 8 420 11 2 647 501 1147 1.61e-91 309.0
#> 9 396 10 2 666 363 985 5.78e-89 301.0
#> 10 406 11 16 664 195 801 1.01e-66 238.0
#> 11 297 10 208 662 21 479 1.60e-36 147.0
#> 12 316 7 11 469 29 465 3.04e-36 147.0
#> 13 386 4 2 667 248 963 1.72e-149 461.0
#> 14 411 10 2 625 66 737 8.34e-83 283.0
#> 15 286 5 129 542 14 424 2.66e-52 196.0
#> 16 421 15 5 607 365 972 3.07e-38 152.0
#> 17 407 21 77 662 27 730 1.25e-33 138.0
#> 18 81 3 552 661 3 112 2.10e-01 35.4
#> 19 421 9 3 675 394 1128 1.12e-115 375.0
#> 20 409 15 2 647 163 874 1.21e-82 285.0
...
由 reprex package (v2.0.1)
于 2021-09-30 创建
我正在尝试将 rBlast 用于蛋白质序列，但不知何故它不起作用。它适用于核苷酸序列但对于蛋白质它只是没有 return 任何匹配（我使用了搜索数据集中的序列，所以不可能没有匹配）。在描述中它代表“这包括 blastn、blastp、blastx 的接口......”但在 R studio 的帮助文件中它说“描述从 blast+ 执行 blastn”。有人 运行 rBlast 蛋白质吗？
这是我运行:
listF<-list.files("Trich_prot_fasta/")
fa<-paste0("Trich_prot_fasta/",listF[i])
makeblastdb(fa, dbtype = "prot", args="")
bl <- blast("Trich_prot_fasta/Tri5640_1_GeneModels_FilteredModels1_aa.fasta", type="blastp")
seq <- readAAStringSet("NDRkinase/testSeq.txt")
cl <- predict(bl, seq)
结果：
> cl <- predict(bl, seq)
Warning message: In predict.BLAST(bl, seq) : BLAST did not return a match!
尝试重现错误，但在我的系统上一切正常（macOS BigSur 11.6 / R v4.1.1 / Rstudio v1.4.1717）。
鉴于你的 blastn 是成功的，也许你正在为你的蛋白质 fasta 参考数据库组合多个 fasta 文件？如果是这种情况，请尝试将它们连接在一起，并在制作 blastdb 时使用文件路径而不是 R 对象（“fa”）。或者也许：
makeblastdb(file = "Trich_prot_fasta/Tri5640_1_GeneModels_FilteredModels1_aa.fasta", type = "prot)
而不是：
makeblastdb(fa, dbtype = "prot", args="")
此外，请编辑您的问题以包含 sessionInfo() 的输出（可能有助于缩小范围）。
library(tidyverse)
#BiocManager::install("Biostrings")
#devtools::install_github("mhahsler/rBLAST")
library(rBLAST)
# Download an example fasta file:
# https://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/reference_proteomes/Eukaryota/UP000001542/UP000001542_5722.fasta.gz
# Grab the first fasta sequence as "example_sequence.fasta"
listF <- list.files("~/Downloads/Trich_example", full.names = TRUE)
listF
#> [1] "~/Downloads/Trich_example/UP000001542_5722.fasta"
#> [2] "~/Downloads/Trich_example/example_sequence.fasta"
makeblastdb(file = "~/Downloads/Trich_example/UP000001542_5722.fasta", dbtype = "prot")
bl <- blast("~/Downloads/Trich_example/UP000001542_5722.fasta", type = "blastp")
seq <- readAAStringSet("~/Downloads/Trich_example/example_sequence.fasta")
cl <- predict(bl, seq)
cl
#> QueryID SubjectID Perc.Ident Alignment.Length
#> 1 Example_sequence_1 tr|A2D8A1|A2D8A1_TRIVA 100.000 694
#> 2 Example_sequence_1 tr|A2E4L0|A2E4L0_TRIVA 64.553 694
#> 3 Example_sequence_1 tr|A2E4L0|A2E4L0_TRIVA 32.436 669
#> 4 Example_sequence_1 tr|A2D899|A2D899_TRIVA 64.344 488
#> 5 Example_sequence_1 tr|A2D899|A2D899_TRIVA 31.004 458
#> 6 Example_sequence_1 tr|A2D899|A2D899_TRIVA 27.070 314
#> 7 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 54.915 468
#> 8 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 33.691 653
#> 9 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 32.936 671
#> 10 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 29.969 654
#> 11 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 26.694 487
#> 12 Example_sequence_1 tr|A2D898|A2D898_TRIVA 25.000 464
#> 13 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 39.106 716
#> 14 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 30.724 677
#> 15 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 29.257 417
#> 16 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 23.438 640
#> 17 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 22.981 718
#> 18 Example_sequence_1 tr|A2F4I3|A2F4I3_TRIVA 24.107 112
#> 19 Example_sequence_1 tr|A2FI39|A2FI39_TRIVA 33.378 740
#> 20 Example_sequence_1 tr|A2FI39|A2FI39_TRIVA 31.440 722
#> Mismatches Gap.Openings Q.start Q.end S.start S.end E Bits
#> 1 0 0 1 694 1 694 0.00e+00 1402.0
#> 2 243 2 1 692 163 855 0.00e+00 920.0
#> 3 410 15 22 671 1 646 3.02e-94 312.0
#> 4 173 1 205 692 1 487 0.00e+00 644.0
#> 5 308 7 22 476 1 453 3.55e-55 198.0
#> 6 196 5 13 294 173 485 4.12e-25 110.0
#> 7 211 0 1 468 683 1150 8.48e-169 514.0
#> 8 420 11 2 647 501 1147 1.61e-91 309.0
#> 9 396 10 2 666 363 985 5.78e-89 301.0
#> 10 406 11 16 664 195 801 1.01e-66 238.0
#> 11 297 10 208 662 21 479 1.60e-36 147.0
#> 12 316 7 11 469 29 465 3.04e-36 147.0
#> 13 386 4 2 667 248 963 1.72e-149 461.0
#> 14 411 10 2 625 66 737 8.34e-83 283.0
#> 15 286 5 129 542 14 424 2.66e-52 196.0
#> 16 421 15 5 607 365 972 3.07e-38 152.0
#> 17 407 21 77 662 27 730 1.25e-33 138.0
#> 18 81 3 552 661 3 112 2.10e-01 35.4
#> 19 421 9 3 675 394 1128 1.12e-115 375.0
#> 20 409 15 2 647 163 874 1.21e-82 285.0
...
由 reprex package (v2.0.1)
于 2021-09-30 创建