igraph r 最短路径计算崩溃 - 最大节点数？

Question

igraph::shortest.paths 函数是否有最大节点数？

以下代码在 RStudio Version 1.4.1106 中崩溃 Microsoft R Open 4.0.2 under Windows 10 with 128GB RAM.

问题：

是不是因为igraph
的功能
这与本地内存有关吗？

有哪些选择？也许使用 cppRouting 包？

  library(igraph)
  c1 <- sample(1:48000, 293631, replace=TRUE)
  c2 <- sample(1:48000, 293631, replace=TRUE)

  # column bind the two vectors
  el <- cbind(c1, c2)

  # convert matrix as an edgelist into an undirected graph 
  g <- graph.edgelist(el, directed=FALSE)

  # obtain distance matrix with shortest path between all pairs of nodes
  t <- shortest.paths(g)

Answer 1

目前，igraph 没有针对超出最大数据结构大小的可靠检查。但是，作为准则，您可以假设任何不能用带符号的 32 位整数编制索引的内容都不起作用。您的计算将 return:

的矩阵就是这种情况

> log2(48000^2)
[1] 31.10149

当超过这些大小时，在 Windows 上特别容易出现崩溃等问题，其中 long int 类型（目前 igraph 内部广泛使用）的大小为 32 位，即使在 64 位上也是如此-位系统。

正在进行的工作是使 igraph 的 C 核心完全支持 64 位，并让它检测何时超过最大数据结构大小。不幸的是，目前尚不清楚如何或是否可以为 igraph 的 R 接口带来 64 位支持，因为 R 本身仍然不支持 64 位整数。但是，未来的版本应该会在超过大小时显示错误而不是崩溃。

Answer 2

在我的 Windows 系统上，库 cppRouting 似乎可以处理比 igraph 更大的网络。

library(cppRouting)
gr <-makegraph(cbind(el, 1),directed=FALSE) # add one to indicate tie-strength
outcome <- get_distance_pair(gr)

这将为您提供边缘列表中节点之间的最短路径 el。

igraph r 最短路径计算崩溃 - 最大节点数？

Shortest Path calculations crashes with igraph r - maximum number of nodes?

r

igraph