使用 R 中的特定条件聚合 nc 文件

Question

我又需要你的帮助了。我有 .nc 文件，元数据：文件 minty.nc (NC_FORMAT_64BIT):

 1 variables (excluding dimension variables):
    short mn2t[longitude,latitude,time]   
        scale_factor: 0.000940940342005054
        add_offset: 259.294916797895
        _FillValue: -32767
        missing_value: -32767
        units: K
        long_name: Minimum temperature at 2 metres since previous post-processing

 3 dimensions:
    longitude  Size:57
        units: degrees_east
        long_name: longitude
    latitude  Size:49
        units: degrees_north
        long_name: latitude
    time  Size:90240
        units: hours since 1900-01-01 00:00:00.0
        long_name: time
        calendar: gregorian

2 global attributes:
    Conventions: CF-1.6

我有一个代码，适用于较小的 .nc 文件：

 library(raster)
 library(rgdal)
 library(ggplot2)
 nc_data = nc_open('file.nc')
 lon = ncvar_get(nc_data, "longitude")
 lat = ncvar_get(nc_data, "latitude", verbose = F)
 t = ncvar_get(nc_data, "time")
 head(lon)
 head(t)
 head(lat)
 mint.array = ncvar_get(nc_data, "mn2t")
 dim(mint.array)
 fillvalue = ncatt_get(nc_data, "mn2t", "_FillValue")
 fillvalue
 mint.array[mint.array == fillvalue$value] <- NA
 r_brick <- brick(mint.array, xmn=min(lat), xmx=max(lat), ymn=min(lon), ymx=max(lon), crs=CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84 +datum=WGS84 +no_defs+ towgs84=0,0,0"))
 r_brick = flip(t(r_brick), direction = 'y')

由于文件太大，我得到一个错误：“无法分配大小为 1.4 Mb 的向量” 我还使用 gc() 清除未使用的内存。它没有帮助。我不需要 file.nc 中的所有数据。在这种情况下，我需要以某种方式汇总它。对于我的进一步计算，我只需要每日最小值。在这种情况下，对于 df 我使用了： df(ff) <- aggregate(df, list(rep(1:(nrow(df)%(%n+1), each=24, len=nrow(df))), min)

不幸的是，我发现很难将此代码改编为 .nc 文件。也许有人可以帮助我。提前致谢！

Answer 1

为避免内存问题，您可以这样做：

library(raster)
r_brick <- brick('file.nc', "mn2t")

它也可以防止错误。例如，在您的代码中，这在两个方面是错误的：

xmn=min(lat), xmx=max(lat), ymn=min(lon), ymx=max(lon)

因为 x 应该是 lon 而 y 应该是 lat 并且因为 ncdf 坐标指的是细胞的中心，而 xmn , xmx, ymn, 和 ymx 指的是边框。

您也可以使用现代的等价物

library(terra)
r <- rast('file.nc')

使用 R 中的特定条件聚合 nc 文件

Aggregate nc file using specific condition in R

aggregate

r

netcat