将 astropy Table 列表转换为 astropy Table 的 numpy 数组

Question

我尝试在 astropy Table 的 numpy 数组中转换一个 astropy Table 列表。在第一个实例中，我尝试了 np.asarray(list) 和 np.array(list) 但是列表中的星形 table 被转换为 numpy ndarray.

示例：

t = Table({'a': [1,2,3], 'b':[4,5,6]})  
t2 = Table({'a': [7,8,9], 'b':[10,11,12]})
mylist = [t1, t2]
print(mylist)

输出为：

[<Table length=3>
  a     b
int64 int64
----- -----
    1     4
    2     5
    3     6, 
<Table length=3>
  a     b
int64 int64
----- -----
    7    10
    8    11
    9    12]

然后如果我应用 np.array() 输出是：

array([[(1,  4), (2,  5), (3,  6)],
       [(7, 10), (8, 11), (9, 12)]], dtype=[('a', '<i8'), ('b', '<i8')])

但我想要以下内容：

array([<Table length=3>
  a     b
int64 int64
----- -----
    1     4
    2     5
    3     6, 
<Table length=3>
  a     b
int64 int64
----- -----
    7    10
    8    11
    9    12])

我的实际解决方案是：

if isinstance(mylist, list):
    myarray = np.empty(len(mylist), dtype='object')
    for i in range(len(myarray)):
        myarray[i] = mylist[i]
else:
    myarray = mylist
return myarray

它可以工作，但我认为 numpy 中可能有一些内置的东西可以做到这一点，但我找不到它。

Answer 1

这看起来是 Astropy Table 的限制，我认为这是一个错误：Astropy 的 Table 会阻止对 NumPy 数组的强制转换，因为这并不总是有效：有一个如果在尝试将 table 转换为 NumPy 数组时指定了 dtype，则会在代码中进行特定检查，如果指定了 ValueError。

当然，这里你处理的是一个列表。但是现在您运行遇到了两个问题：NumPy 将尝试将列表转换为数组，并对每个单独的元素应用转换。您要么得到一个没有指定 dtype 的二维数组，要么再次得到指定了 dtype 的 ValueError：

ValueError: Datatype coercion is not allowed

错误（我认为）是 Astropy 检查 dtype 除 None 以外的任何东西。因此，即使 object 作为 dtype 也会引发此错误，我不确定是否应该如此。

因此，在我看来，您的解决方法很好。不理想，但它完成了工作，基本上只有 2-3 行代码。

然而，既然你提到了布尔索引，请考虑以下内容，同时将所有内容都保存在一个列表中（我认为这是更好的选择：NumPy 数组实际上是用于数字，而不是对象）：

indices = [True, False, True, False]
my_list = [....]  # list of tables
selection = [item for item, index in zip(my_list, indices) if index]  # filter all True values

或编号索引：

indices = [1, 3, 5, 6]
my_list = [....] # list of tables
selection = [my_list[i] for i in indices]

行数与 NumPy 索引相同，除非您的列表增长到数千（百万）个元素，否则您不会注意到性能差异。（如果它确实增长到数百万个元素，您可能需要重新考虑您的数据结构，这需要在代码的其他地方进行更多重写。）

将 astropy Table 列表转换为 astropy Table 的 numpy 数组

Convert a list of astropy Table in a numpy array of astropy Table

python

numpy

astropy