有没有办法在 ggplot2 中跳过线图的 NA 值

Question

我正在尝试绘制 4 个共享 y 轴的折线图，但其中一个图有缺失值 (NA)。我希望能够连接 CI-TR 图的 NA 值两侧的两个点。

这是我正在处理的数据（注意 CI-右侧的 TR 具有 NA 值）

这是我的代码，我已经从 excel 文件中读取了 table：

#read the excel file (same as the table attached)
data <- read_csv("test3.csv", col_types = cols(.default = col_guess())

# gather the data for age and depth
plots <-  data %>% filter(core_id == "BKM0817") %>%
  gather(key = param, value = value, -core_id, -Age, -depth)

#this is to relabel the graph titles (NB the added a is to order alphabetically in the order I want them to appear)
plots %>%  
  mutate(facet_label = fct_recode(
    param,
    "delta ^ 13 * C[OM] ~(`\u2030 V-PDB`)" = "ad13com",
    "delta ^ 15 * N ~(`\u2030 AIR`)" = "d15N",
    "'C/N'" = "C/N",
    "CI-TR" = "aaCI-TR"
  )) %>%
          
# now plot the graphs
  ggplot(aes(y = Age, x = value)) +
  geom_hline(yintercept = c(10720, 10568, 10620), col = "black", alpha = 0.8, lty = 2) +
  geom_lineh(colour = "black", size = 0.5) +
  geom_point(size = 2) +
  facet_wrap(~facet_label, scales = "free_x", labeller = label_parsed, ncol = 4) +
  scale_y_reverse(# Features of the first axis
    name = "Age (Cal. yrs BP)",

 # Add a second axis and specify its features
    sec.axis = sec_axis( trans=~./17.927, name="Depth (cm)")
  ) +
  labs(x = NULL, y = "Age (Cal. yrs BP)") +
theme(panel.border = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"))`

Answer 1

如果有任何 NA 值，线 geom 将被切断，因此简单的解决方案是从数据框中删除 NA 值。您可以使用 na.omit() 来执行此操作，但只需注意 您在代码中使用它的地方 。您的原始数据集如下所示：

df <- data.frame(pos=1:4, A=c(1.05, 2.3, 4.24, 3.89),
  B=c(4.44, NA, 2.22, 3.33))
df

>
  pos    A    B
1   1 1.05 4.44
2   2 2.30   NA
3   3 4.24 2.22
4   4 3.89 3.33

收集后绘制此图你得到：

df %>%
  gather(key=type, value=value, -pos) %>%
  ggplot(aes(x=pos, y=value)) +
  geom_line(linetype=2, color='blue', size=0.7) +
  geom_point(color='red', size=3) +
  facet_wrap(~type)

如果您在 df 上使用 na.omit()，那么它会删除 整个第二行 ，这会删除第 [=19= 列的第二个观察值】还有。在这种情况下，只需确保在之后使用 na.omit() gather() 函数将数据帧旋转得更长：

df %>% gather(key=type, value=value, -pos) %>% na.omit() %>% # important this comes after the gather ggplot(aes(x=pos, y=value)) + geom_line(linetype=2, color='blue', size=0.7) + geom_point(color='red', size=3) + facet_wrap(~type)

在您的情况下，下面的伪代码让您了解在您自己的代码中放置 na.omit() 的位置：

plots %>% mutate(...) %>% na.omit() %>% ggplot(...) + ...

有没有办法在 ggplot2 中跳过线图的 NA 值

Is there a way to skip NA values for a line plot in ggplot2

r

csv

ggplot2

linegraph