使用 GGplot 跳过多线图的 NA 值（并使用网格排列与另一个图结合）

Question

我正在尝试跳过带有两条线的图形 (ad13com & Pd13c) 上的 NA 值，并使用网格排列将其与第二个图形 (xPDd13C) 组合。使用我的代码，由于我的数据中的 NA 值导致换行，我正在寻找连续的线（三个独立的线）。我尝试使用 na.rm 参数但没有取得任何进展，因为我对 r 还很陌生。我意识到问题出在我正在绘制未收集的数据，但我不知道如何将 skip NA 参数应用于以这种方式绘制的数据！

在我的代码中，我在绘制数据之前先收集数据，因为当我使用 facet wrap 生成多个图时使用了类似的脚本，所以可能没有必要为此应用程序收集数据？我也意识到我有多个 y 轴刻度，所以它只是替换现有的刻度并使用最后一个，我不太确定如何正确删除它所以我只是把它留在原处，因为它工作正常

无论如何这是我的代码：

theme_set(theme_paleo(8))
theme_update(plot.title = element_text(hjust = 0.5))

#read the data
data <- read_csv("profundal.csv", col_types = cols(.default = col_guess())
)

#first gather the data and set out the omit na function in order to skip na values
data %>% filter(core_id == "BKM0817") %>%
  gather(key = param, value = value, -core_id, -Age, -depth) %>% 
  na.omit()

#plot the first graph
prof1 <- 
  ggplot() +
  geom_lineh(data = data, mapping = aes(x=ad13com, y = Age), colour = "black", size = 1) +
  geom_point(data = data, mapping = aes(x=ad13com, y = Age), colour = "black", size = 2) +
  geom_lineh(data = data, mapping = aes(x=Pd13c, y = Age), linetype = 2, colour = "black", size = 1,) +
  geom_point(data = data, mapping = aes(x=Pd13c, y = Age), shape=0, colour = "black", size = 2.7) +
  scale_y_reverse() +
  labs (x = expression(delta ^13*"C (\u2030 V-PDB)"), y = "Age (Cal. yrs BP)") +
  ggtitle(expression(delta ^13*"C"[OM]~"and Chironomus")) +
  theme(panel.border = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"))

#plot the second graph
prof2 <- 
  ggplot() +
  geom_lineh(data = data, mapping = aes(x=xPDd13C, y = Age), colour = "black", size = 1) +
  geom_point(data = data, mapping = aes(x=xPDd13C, y = Age), shape = 2, colour = "black", size = 2) +
  scale_y_reverse(# Features of the first axis
    name = "Age (Cal. yrs BP)",
    
    # Add a second axis and specify its features
    sec.axis = sec_axis( trans=~./17.927, name="Depth (cm)")
  ) +
  labs(x = expression(delta ^13*"C (\u2030 V-PDB)"), y = "Age (Cal. yrs BP)") +
  ggtitle( expression(Delta*delta ^13*"C")) +
  theme(panel.border = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"))

#combine the plots
profundal <-gridExtra::grid.arrange(
  prof1,
  prof2 + 
    labs(y = NULL) +
    scale_y_reverse(labels = NULL, name = "Age (Cal. yrs BP)",
                    
                    # Add a second axis and specify its features
                    sec.axis = sec_axis( trans=~./17.927, name="Depth (cm)")) +
    theme(
      plot.margin = unit(c(0.05,0.1, 0.056,0), "inches"),
      axis.ticks.y = element_blank(),
      plot.background = element_blank()
    ),
  nrow = 1,
  widths = c(4, 4)
)

# save the file 
ggsave("test.png", units="in", width=8, height=6, dpi=300, plot=profundal)

非常感谢！

Answer 1

在 data 上使用 na_omit() 的地方，结果没有分配给任何东西。您需要将结果分配给 data（或其他东西）。

data <- data %>% filter(core_id == "BKM0817") %>%
  gather(key = param, value = value, -core_id, -Age, -depth) %>% 
  na.omit()

Answer 2

我设法在收集新数据后将其绘制出来（正如 Tjn 在最后使用 na.omit 函数所建议的那样）。

data2 <- data %>% filter(core_id == "BKM0817") %>%
  gather(key = param, value = value, -core_id, -Age, -depth) %>% 
  na.omit()

数据看起来像这样：

为了在同一张图上绘制两条线，然后我不得不对数据进行子集化，并像这样为第一张图单独绘制线和点，并为第二张图遵循相同的结构：

prof1 <-
  ggplot() +
  geom_lineh(data = subset(data2,param %in% "ad13com"), mapping = aes(x=value, y = Age), colour = "black", size = 1) +
  geom_point(data = subset(data2,param %in%"ad13com"), mapping = aes(x=value, y = Age), colour = "black", size = 2) +
  geom_lineh(data = subset(data2,param %in% "Pd13c"), mapping = aes(x=value, y = Age), linetype = 2, colour = "black", size = 1,) +
  geom_point(data = subset(data2,param %in% "Pd13c"), mapping = aes(x=value, y = Age), shape=0, colour = "black", size = 2.7) +
  scale_y_reverse() +
  labs (x = expression(delta ^13*"C (\u2030 V-PDB)"), y = "Age (Cal. yrs BP)") +
  ggtitle(expression(delta ^13*"C"[OM]~"and Chironomus")) +
  theme(panel.border = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"))

现在的最终结果与问题中的图表相同，但现在用线单独连接所有点。

使用 GGplot 跳过多线图的 NA 值（并使用网格排列与另一个图结合）

Skipping NA values for a multiple line plot using GGplot (and combined with another plot using grid arrange)

r

linegraph

ggplot2