Facetgrid 图（使用 ggplotly）在 docker 容器中变灰

Question

对于我想封装在 docker 容器中的每日报告 Rmarkdown 脚本，我遇到了从 ggplot facet_grid 创建然后使用 ggplotly 转换的 plotly plot 的问题。

当我运行 R 工作室本地脚本时，我的情节按预期工作：

当我运行脚本通过我的 docker 容器时，它完全变灰了：

数据确实存在，只是没有显示：

脚本之间没有区别，除了我运行它的位置，我实际上不知道在哪里寻找解决该错误的方法。

这是 rmarkdown 块中的 ggplot+plotly 部分：

p <- ggplot(table_plot_month, aes(x = action_date, y = n, fill = action_type)) +
      geom_bar(stat='identity') +
      facet_grid(orga_initiales ~ .) + theme_bw() +
      theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust=1), legend.position = "none") +
      labs(y = "Nombre Actions", x = "Date", fill = "Type action")

gp <- ggplotly(p)

gp <- ggplotly(p) 
gp[['x']][['layout']][['annotations']][[1]][['y']] <- -0.25
gp[['x']][['layout']][['annotations']][[2]][['x']] <- -0.07

gp %>% layout(margin = list(l = 120, b=70))

这是我用来创建图像和运行容器并将容器输出目录与主机输出目录绑定的 docker 命令：

docker build -t daily_report_image C:/my_path

docker run -d --name daily_report -v ~/my_path:/home/output daily_report_image

这是我用来创建图像的 Dockerfile：

FROM rocker/r-base

RUN apt-get update \
 && apt-get install --yes --no-install-recommends \
        apt-transport-https \
        curl \
        gnupg \
        unixodbc-dev \
        libfontconfig1-dev \
 && curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add - \
 && curl https://packages.microsoft.com/config/debian/9/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list \
 && apt-get update \
 && ACCEPT_EULA=Y apt-get install --yes --no-install-recommends msodbcsql17 \
 && install2.r odbc \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/* \
 && rm -rf /tmp/*

 RUN apt-get update \
    && apt-get install -y --no-install-recommends \
                ghostscript \
                lmodern \
                pandoc-citeproc \
                qpdf \
                r-cran-formatr \
                r-cran-ggplot2 \
                r-cran-knitr \
                r-cran-rmarkdown \
                r-cran-runit \
                r-cran-testthat \
                r-cran-tidyverse \
                r-cran-stringr \
                r-cran-lubridate \
                r-cran-plotly \
                r-cran-formattable \
                r-cran-here \
        && install.r binb linl pinp tint \
        && mkdir ~/.R \
        && echo _R_CHECK_FORCE_SUGGESTS_=FALSE > ~/.R/check.Renviron \
        && cd /usr/local/bin \
        && ln -s /usr/lib/R/site-library/littler/examples/render.r .

RUN R -e "install.packages('fontawesome')"
RUN R -e "install.packages('kableExtra')"
RUN R -e "install.packages('flexdashboard')"

WORKDIR /home

COPY src/suivi_activite_html.Rmd suivi_activite_html.Rmd
COPY src/run_all_daily_reports.R run_all_daily_reports.R
COPY .env .env

CMD R -e "source('run_all_daily_reports.R')"

知道我应该看哪里吗？是 docker 问题，还是 plotly/ggplot 兼容性问题？

Answer 1

我通过更改我的图像并使用 install.packages 函数而不是二进制文件 plotly 安装来解决它：

FROM rocker/r-base

RUN apt-get update \
 && apt-get install --yes --no-install-recommends \
        apt-transport-https \
        curl \
        gnupg \
        unixodbc-dev \
        libfontconfig1-dev \
 && curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add - \
 && curl https://packages.microsoft.com/config/debian/9/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list \
 && apt-get update \
 && ACCEPT_EULA=Y apt-get install --yes --no-install-recommends msodbcsql17 \
 && install2.r odbc \
 && apt-get clean \
 && rm -rf /var/lib/apt/lists/* \
 && rm -rf /tmp/*

 RUN apt-get update \
    && apt-get install -y --no-install-recommends \
                ghostscript \
                lmodern \
                pandoc-citeproc \
                qpdf \
                r-cran-formatr \
                r-cran-ggplot2 \
                r-cran-knitr \
                r-cran-rmarkdown \
                r-cran-runit \
                r-cran-testthat \
                r-cran-tidyverse \
                r-cran-stringr \
                r-cran-lubridate \
                #r-cran-plotly \
                r-cran-formattable \
                r-cran-here \
        && install.r binb linl pinp tint \
        && mkdir ~/.R \
        && echo _R_CHECK_FORCE_SUGGESTS_=FALSE > ~/.R/check.Renviron \
        && cd /usr/local/bin \
        && ln -s /usr/lib/R/site-library/littler/examples/render.r .

RUN R -e "install.packages('fontawesome')"
RUN R -e "install.packages('kableExtra')"
RUN R -e "install.packages('flexdashboard')"
RUN R -e "install.packages('plotly')"

WORKDIR /home

COPY src/suivi_activite_html.Rmd suivi_activite_html.Rmd
COPY src/run_all_daily_reports.R run_all_daily_reports.R
COPY .env .env

CMD R -e "source('run_all_daily_reports.R')"

Facetgrid 图（使用 ggplotly）在 docker 容器中变灰

Facetgrid plot (with ggplotly) greyed out in docker container

r

docker

ggplot2

plotly

r-markdown