在 R 中的 mclapply 中使用 "sample" 无法正常工作

Question

我正在尝试运行每次使用数据帧的不同子集对一个函数进行多次迭代。实际上，该函数需要很长时间，所以我想使用 mclapply 将迭代拆分到多个核心。对于每次迭代，我都使用 sample 来随机 select 数据帧的一个子集，这是我编写的用于 mclapply 的函数内部。但是，输出列表中每次迭代的结果都是相同的，这表明 mclapply 并不是每次都重新运行宁 sample 行。这一定与我编写代码的方式有关，我哪里出错了？

这是一个可以快速运行的小型数据集的可重现示例。您会注意到 d.val.all 输出列表中的 10 次迭代是相同的，这不是我所追求的。

library(bipartite)
library(doBy)
library(parallel)

# create dummy data
ecto.matrix1=data.frame(replicate(10,sample(0:80,81,rep=TRUE)),Species.mix.90=c(sample(c("R","M","S","B"),81,rep=TRUE)))

# set up the function
funct.resample.d <- function(i) {
  RedSites <- row.names(ecto.matrix1)[ecto.matrix1$Species.mix.90=="R"]
  MountainSites <- row.names(ecto.matrix1)[ecto.matrix1$Species.mix.90=="M"]
  randomSilverSites <- sample(row.names(ecto.matrix1)[ecto.matrix1$Species.mix.90=="S"],8,replace=F)
  randomBlackSites <- sample(row.names(ecto.matrix1)[ecto.matrix1$Species.mix.90=="B"],8,replace=F)
  resampledSites <- c(RedSites,MountainSites,randomSilverSites,randomBlackSites) # make vector of the site names
  matrix=ecto.matrix1[resampledSites,] # select only those rows from the resampled row names
  matrix1 = matrix[,colSums(matrix[,-c(ncol(matrix))]) > 0] # drop cols that sum to 0
  matrix2=summaryBy(matrix1[,-c(ncol(matrix1))]~Species.mix.90,data=matrix1,FUN=sum)
  for (col in 1:ncol(matrix2)){
    colnames(matrix2)[col] <-  sub(".sum", "", colnames(matrix2)[col]) # remove the sum bit from the col names
  }
  row.names(matrix2)<-matrix2$Species.mix.90 # make row names
  matrix2=subset(matrix2, select=-c(Species.mix.90)) # drop host col
  d.val <- dfun(matrix2)$dprime
}

# run mclapply
reps=c(1:10)
d.val.all <- mclapply(reps, funct.resample.d, mc.cores = 10)

Answer 1

如果其他人遇到类似问题，我发现问题出在 summaryBy 函数而不是 sample。我用 aggregate 替换了 summaryBy，随机化工作正常。

matrix2=aggregate(. ~ Species.mix.90, matrix1, sum)

在 R 中的 mclapply 中使用 "sample" 无法正常工作

Using "sample" within mclapply in R not working properly

r

mclapply