如何在完成一些特定于 R 的计算后将向量从 Python 传输到 R（并返回）

Question

假设我在 python 环境中有一个向量 x1 作为 numpy 数组。我想将该向量转移到 R 环境，使用 R 特定函数进行一些计算，然后得到另一个向量 x2，然后想将 x2 作为 numpy 数组转移回 python。目标是获得以下输出：

[1 2 3]
[2 2 3]

这是使用 rpy2（或任何其他包）的代码（在第 9 行之前有效，但之后无效）？

from rpy2.robjects import FloatVector
from rpy2.robjects.packages import importr
stats = importr('stats')
base = importr('base')
#lmtest = importr("lmtest")
import rpy2.robjects as robjects
import numpy as np

x1 = np.array([1,2,3])
print(x1)
robjects.r('''
        x2 = x1  
        x2[1] = x2[1] + 1 ## some R specific function
        ''')
print(x2)

编辑

我尝试实现@lgautier 的答案如下：

import rpy2.robjects as robjects
import numpy as np

x1 = np.array([1,2,3])
print(x1)
robjects.r('''
           x2 = x1  
           x2[1] = x2[1] + 1 ## some R specific function
           ''')

x3 = robjects.r['x2']

但我收到以下错误消息

R[write to console]: Error in (function (expr, envir = parent.frame(), enclos = if (is.list(envir) ||  :
  object 'x1' not found

我做错了什么？

Answer 1

这里有一个选项pyper

from pyper import *
import numpy as np

x1 = np.array([1,2,3])
r = R(use_pandas=True)
r.assign('x1', x1)
expr1 = '''x2 = x1;
         x2[1] = x2[1] + 1;
         x2'''
r(expr1)
r.get('x2')

-在 python

上测试

>>> from pyper import *
>>> import numpy as np
>>> x1 = np.array([1,2,3])
>>> r = R(use_pandas=True)
>>> r.assign('x1', x1)
>>> expr1 = '''x2 = x1;
         x2[1] = x2[1] + 1;
         x2'''
>>> r(expr1)
'try({x2 = x1;\n+          x2[1] = x2[1] + 1;\n+          x2})\n[1] 2 2 3\n'
>>> r.get('x2')
array([2, 2, 3])
>>>

Answer 2

在代码的以下部分中，您声明了一个 Python 变量 x1 并为其分配了一个 numpy 数组。在您创建一个 R 变量（可选地使用相同的名称）之前，R 不会知道它。

x1 = np.array([1,2,3])
# Python knows about x1, you defined it right above.
print(x1)
# R does not know any x1 unless you have defined it before.
robjects.r('''
           x2 = x1  
           x2[1] = x2[1] + 1 ## some R specific function
           ''')

要在 R 全局环境中定义 x1，尝试：

robjects.globalenv['x1'] = 123

文档中的介绍在这里涵盖了这一点：https://rpy2.github.io/doc/latest/html/introduction.html#the-r-instance

除此之外，从 numpy 数组转换到 numpy 数组需要使用转换器。 rpy2 可以使用或不使用 numpy。文档在这里：https://rpy2.github.io/doc/latest/html/numpy.html

如何在完成一些特定于 R 的计算后将向量从 Python 传输到 R（并返回）

How to transfer a vector from Python to R (and back) after having done some R specific computations

python

r

vector

environment-variables

rpy2