在 Mac OSX Big Sur 上编译 Platanus v1.2.4 Genome Assembler 时出错
Errors compiling Platanus v1.2.4 Genome Assembler on Mac OSX Big Sur
我正在尝试将 Mac OSX Big Sur 和 运行 上的基因组汇编程序 platanus 1.2.4 编译成几个错误。我们的实验室有一个高性能的 mac，我们真的很想用它来进行基因组组装。我也尝试过 OSX Catalina 和 platanus-allee v2.2.2 并得到相同的错误。
(base) XXXX Platanus_v1.2.4 % make
g++ -o main.o -c main.cpp -std=c++0x -O3 -funroll-loops -Wall -fopenmp -finline-limit-50000 -lm -Dnullptr=0
clang: error: unknown argument: '-finline-limit-50000'
clang: warning: -lm: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [Makefile:14: main.o] Error 1
我能够使用自制 llvm 包消除第三个错误（不支持的选项“-fopenmp”）以使用 OpenMP。我在第一行更改了编译器并将 -I/usr/local/opt/llvm/include 添加到第二行 (from this post)
CXX = /usr/local/opt/llvm/bin/clang
CXXFLAGS = -I/usr/local/opt/llvm/include -std=c++0x -O3 -funroll-loops -Wall -fopenmp -finline-limit-50000 -lm -Dnullptr=0
但是，我不知道如何解决“-finline-limit”和 'lm' 错误。有人处理过这些错误吗？
感谢您的帮助！
我找到的解决方案是使用 Docker 安装 Ubuntu 容器。
我刚刚设置了 Ubuntu 容器，我安装了 build-essential、git-all、wget、nano、miniconda3，并使用 conda 安装了 minimap2。之后，Platanus 预编译二进制文件在其中完美运行！超级简单！
确保为 Docker 增加内存、磁盘 space 和 cpu 余量，以便满足您对 Platanus 的任何需求。
我正在尝试将 Mac OSX Big Sur 和 运行 上的基因组汇编程序 platanus 1.2.4 编译成几个错误。我们的实验室有一个高性能的 mac，我们真的很想用它来进行基因组组装。我也尝试过 OSX Catalina 和 platanus-allee v2.2.2 并得到相同的错误。
(base) XXXX Platanus_v1.2.4 % make
g++ -o main.o -c main.cpp -std=c++0x -O3 -funroll-loops -Wall -fopenmp -finline-limit-50000 -lm -Dnullptr=0
clang: error: unknown argument: '-finline-limit-50000'
clang: warning: -lm: 'linker' input unused [-Wunused-command-line-argument]
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [Makefile:14: main.o] Error 1
我能够使用自制 llvm 包消除第三个错误（不支持的选项“-fopenmp”）以使用 OpenMP。我在第一行更改了编译器并将 -I/usr/local/opt/llvm/include 添加到第二行 (from this post)
CXX = /usr/local/opt/llvm/bin/clang
CXXFLAGS = -I/usr/local/opt/llvm/include -std=c++0x -O3 -funroll-loops -Wall -fopenmp -finline-limit-50000 -lm -Dnullptr=0
但是，我不知道如何解决“-finline-limit”和 'lm' 错误。有人处理过这些错误吗？
感谢您的帮助！
我找到的解决方案是使用 Docker 安装 Ubuntu 容器。
我刚刚设置了 Ubuntu 容器，我安装了 build-essential、git-all、wget、nano、miniconda3，并使用 conda 安装了 minimap2。之后，Platanus 预编译二进制文件在其中完美运行！超级简单！
确保为 Docker 增加内存、磁盘 space 和 cpu 余量，以便满足您对 Platanus 的任何需求。