sankeyNetwork如何设置x轴位置

Question

我正在查看有关使用 networkd3 in r 通过 networkD3::sankeyNetwork() 构建桑基图的文档和教程。

我可以使用其他人的代码使它正常工作（来自这里： - 请参阅 CJ Yetman 的 networkd3 的 tidyverse 方法）

当我尝试自己实施时，我的节点在 x 轴上的排列顺序错误 - 导致流程无法理解。

但是我无法弄清楚 sankeyNetwork 在哪里获取有关 x 轴位置的信息。

这是我的实现，但没有产生预期的结果：

library(tidyverse)
library(networkD3)

#Create the data
df <- data.frame('one' = c('a', 'b', 'b', 'a'), 
                 'two' = c('c', 'd', 'e', 'c'), 
                 'three' = c('f', 'g', 'f', 'f'))

#My code
#Create the links
links <- df %>%
  mutate(row = row_number()) %>% #Get row for grouping and pivoting
  pivot_longer(-row) %>% #pivot to long format
  group_by(row) %>% 
  mutate(source_c = lead(value)) %>% #Get flow 
  filter(!is.na(source_c)) %>% #Get rid of NA
  rename(target_c = value) %>% #Correct names
  group_by(target_c, source_c) %>% #Count frequencies
  summarize(value = n()) %>%
  ungroup() %>%
  mutate(target = as.integer(factor(target_c)), #Convert to numeric values
         source = as.integer(factor(source_c))) %>%
  mutate(source = source - 1, #zero index
         target = target - 1) %>%
  data.frame()

#create the nodes
nodes <- data.frame(name = factor(unique(c(links$target_c, links$source_c))))

#plot the network
sankeyNetwork(Links = links, Nodes = nodes, Source = 'source',
              Target = 'target', Value = 'value', NodeID = 'name')

产量：

使用链接答案中的工作代码：

links <-
  df %>% 
  mutate(row = row_number()) %>%  # add a row id
  gather('col', 'source', -row) %>%  # gather all columns
  mutate(col = match(col, names(df))) %>%  # convert col names to col nums
  mutate(source = paste0(source, '_', col)) %>%  # add col num to node names
  group_by(row) %>%
  arrange(col) %>%
  mutate(target = lead(source)) %>%  # get target from following node in row
  ungroup() %>% 
  filter(!is.na(target)) %>%  # remove links from last column in original data
  select(source, target) %>% 
  group_by(source, target) %>% 
  summarise(value = n())  # aggregate and count similar links

# create nodes data frame from unque nodes found in links data frame
nodes <- data.frame(id = unique(c(links$source, links$target)),
                    stringsAsFactors = FALSE)
# remove column id from names
nodes$name <- sub('_[0-9]*$', '', nodes$id)

# set links data to the 0-based index of the nodes in the nodes data frame
links$source <- match(links$source, nodes$id) - 1
links$target <- match(links$target, nodes$id) - 1

sankeyNetwork(Links = links, Nodes = nodes, Source = 'source',
              Target = 'target', Value = 'value', NodeID = 'name')

产生一个工作结果：

我知道工作代码和我的代码不同，但我看不到 sankeyNetwork 调用行号（即 x 轴）数据的位置 - 没有调用包含的任何变量该信息。我想我可以让我自己的代码来准备数据，一旦我知道它需要是什么样子。

Answer 1

与 networkd3 中的所有函数一样，sankeyNetwork() 根据节点与网络中其他节点的关系，通过算法确定节点的 x 和 y 位置，它不会直接从数据中读取 x 和 y 值。

您的代码版本与您复制的代码不同的原因是您如何分解然后强制分别对链接数据框中的目标和源节点名称进行整数。通过这样做，您与源或目标列中的给定节点相关联的值不同步，因此您的链接与您开始的链接完全不同。

查看您的 links 数据框并与您开始使用的 df 数据框进行比较。例如，links 数据框中的第一个 row/link 是 a->c，但您的 target 和 source 列将其标识为 0->0。同样，第二个 row/link 是 b->d，但您的 target 和 source 列将其标识为 1->1。等等...

links
#   target_c source_c value target source
# 1        a        c     2      0      0
# 2        b        d     1      1      1
# 3        b        e     1      1      2
# 4        c        f     2      2      3
# 5        d        g     1      3      4
# 6        e        f     1      4      3

另外，因为你使用 mutate(source_c = lead(value)) 而不是你复制的其他代码中的 mutate(target = lead(source))，你反转了你的链接流，所以你会得到你所复制的内容的镜像期待。

如果您必须在 dplyr 链内的链接数据框中设置目标和源节点 ID，并像那样改变命令，您可以将 factor 命令的级别设置为相同的内容，将两者中的所有唯一值组合起来列，例如（但您仍然必须颠倒源与目标的概念才能获得与复制代码相同的结果）...

library(tidyverse)
library(networkD3)

#Create the data
df <- data.frame('one' = c('a', 'b', 'b', 'a'), 
                 'two' = c('c', 'd', 'e', 'c'), 
                 'three' = c('f', 'g', 'f', 'f'))

#My code
#Create the links
links <- 
  df %>%
  mutate(row = row_number()) %>% #Get row for grouping and pivoting
  pivot_longer(-row) %>% #pivot to long format
  group_by(row) %>% 
  mutate(source_c = lead(value)) %>% #Get flow 
  filter(!is.na(source_c)) %>% #Get rid of NA
  rename(target_c = value) %>% #Correct names
  group_by(target_c, source_c) %>% #Count frequencies
  summarize(value = n()) %>%
  ungroup() %>%
  mutate(target = as.integer(factor(target_c, level = unique(c(target_c, source_c)))), #Convert to numeric values
         source = as.integer(factor(source_c, level = unique(c(target_c, source_c))))) %>%
  mutate(source = source - 1, #zero index
         target = target - 1) %>%
  data.frame()

#create the nodes
nodes <- data.frame(name = factor(unique(c(links$target_c, links$source_c))))

#plot the network
sankeyNetwork(Links = links, Nodes = nodes, Source = 'source',
              Target = 'target', Value = 'value', NodeID = 'name')

sankeyNetwork如何设置x轴位置

How does sankeyNetwork set x axis position

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