暂停 python 脚本以保存输出

Question

我是运行 python 中的一个代码，用于计算邻接矩阵的一些度量，我在其中循环遍历所有邻接矩阵，迭代写入一个 numpy 数组，然后保存循环结束时的数组。正如我可以看到计算的进度，我发现其中一个矩阵的度量计算花费的时间太长（例如，不是通常的 5 秒，而是几个小时）。这是我的脚本：


longmat = scipy.io.loadmat('longmat.mat')
longmat = longmat['longmat']
matlength = longmat.shape
densval = np.arange(0, 1, 0.01)
betti = 0
output_long = np.zeros((264, 168, 12), dtype=float, order='F')

for z in range(matlength[2]): 
    for s in range(matlength[1]):
        temp = longmat[:, s, z] #vector of values
        tempr = scipy.spatial.distance.squareform(temp,checks=True)

        for dens in range(len(densval)):
            G_tda = gd.graph_density(densval[dens], tempr)
            B = bet.Betti_k(G_tda, betti, verbose=False)
            output_long[dens, s, z] = B
            if B < 2:
                break

scipy.io.savemat('longout.mat', {'output_long': output_long})

我想暂停脚本并保存数组输出直到此时，我想知道这是否可能。非常感谢您的帮助！

乔其纱

Answer 1

您需要 if 声明。

while true: # or a for loop
    #do the calculations here
    if condition: # condition is the metric before the one that takes too long to calculate
        open("test.txt", "a").write(output) # save the output to the file

只有当您知道哪个指标需要很长时间才能计算时，这才有可能。

更新：现在您已经共享了您的代码，我可以看到一个更好的选择。您需要将 scipy.io.savemat() 放在最内层的循环中。如下：

longmat = scipy.io.loadmat('longmat.mat')
longmat = longmat['longmat']
matlength = longmat.shape
densval = np.arange(0, 1, 0.01)
betti = 0
output_long = np.zeros((264, 168, 12), dtype=float, order='F')

for z in range(matlength[2]): 
    for s in range(matlength[1]):
        temp = longmat[:, s, z] #vector of values
        tempr = scipy.spatial.distance.squareform(temp,checks=True)

        for dens in range(len(densval)):
            G_tda = gd.graph_density(densval[dens], tempr)
            B = bet.Betti_k(G_tda, betti, verbose=False)
            if B < 2:
                break
            output_long[dens, s, z] = B
            scipy.io.savemat('longout.mat', {'output_long': output_long}, appendmat=True)

这种方式在每个循环结束时 B 附加到输出文件。请注意 appendmat=True 确保不会发生覆盖。您可以查看其文档 here。我没用else，不过你可以用来美容。反正没必要。

Answer 2

如果不在运行脚本之前在我的循环中添加一行代码以迭代方式将输出保存到数组。

暂停 python 脚本以保存输出

pause python script to save output

python

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