从 Spatstat 中的最近邻标记创建新数据框
Create new data frame from nearest neighbour marks in Spatstat
我有一个森林中树木的 .ppp 对象。它有两个标记：灰病和物种代码。白蜡病显然只影响白蜡树；对于其余物种，该列显示为“NA”。
尽管如此，我还是想提取白蜡树的四个最近的邻居，无论是什么树种，然后能够针对疾病的严重程度进行绘图。换句话说，找到火山灰病与不同邻近物种之间的相关性。
提取最近邻后，如何将该数据框（或逐列）添加回原始数据框以供以后分析？
library(spatstat)
x <- c(1, 3, 2, 4, 5, 6, 3, 2, 6, 7)
y <- c(3, 4, 5, 2, 2, 6, 7, 8, 4, 3)
ashdis <- c(0.3, 0.95, 0.05, rep(NA, 7))
species <- factor(c("ash", "ash", "ash", "oak", "oak", "beech", "maple", "hickory", "hickory", "beech"))
df <- data.frame(x, y, ashdis, species)
m <- data.frame(ashdis, species)
#convert to .ppp
X <- ppp(df$x, df$y, owin(c(0, 10), c(0, 10)))
marks(X) <- m
plot(X)
#then extract the nearest neighbours of each point in X:
nn <- nnwhich(X, k=1:4)
nn
#trying to add which.1 to data frame as a new column fails:
nn$nn1 <- nn$which.1
#I get this message: "Error in nn$which.1 : $ operator is invalid for atomic vectors"
#alternative way of extracting nearest 4 neighbours also produces error: "Sorry, not implemented when the marks are a data frame"
marktable(X, 4, )
plot(X, pch = 16, cols = "blue", size = 1)
plot(X)
#我应该补充一点，当只有一个标记时，上述方法是有效的。但是我可能会失去与其他变量的联系？
#我也很感激关于如何有意义地将最近邻列组合成一个可以代表物种组合的组的想法〜灰病 - 但这不仅仅是技术要点
您不能只将 nn 转换为数据框并将 cbind 转换为原始数据框吗？
cbind(df, as.data.frame(nn))
#> x y ashdis species which.1 which.2 which.3 which.4
#> 1 1 3 0.30 ash 2 3 4 5
#> 2 3 4 0.95 ash 3 1 4 5
#> 3 2 5 0.05 ash 2 1 7 8
#> 4 4 2 NA oak 5 2 9 1
#> 5 5 2 NA oak 4 10 9 2
#> 6 6 6 NA beech 9 10 7 2
#> 7 3 7 NA maple 8 3 2 6
#> 8 2 8 NA hickory 7 3 2 6
#> 9 6 4 NA hickory 10 6 5 4
#> 10 7 3 NA beech 9 5 4 6
我有一个森林中树木的 .ppp 对象。它有两个标记：灰病和物种代码。白蜡病显然只影响白蜡树；对于其余物种，该列显示为“NA”。 尽管如此，我还是想提取白蜡树的四个最近的邻居，无论是什么树种，然后能够针对疾病的严重程度进行绘图。换句话说，找到火山灰病与不同邻近物种之间的相关性。
提取最近邻后，如何将该数据框（或逐列）添加回原始数据框以供以后分析？
library(spatstat)
x <- c(1, 3, 2, 4, 5, 6, 3, 2, 6, 7)
y <- c(3, 4, 5, 2, 2, 6, 7, 8, 4, 3)
ashdis <- c(0.3, 0.95, 0.05, rep(NA, 7))
species <- factor(c("ash", "ash", "ash", "oak", "oak", "beech", "maple", "hickory", "hickory", "beech"))
df <- data.frame(x, y, ashdis, species)
m <- data.frame(ashdis, species)
#convert to .ppp
X <- ppp(df$x, df$y, owin(c(0, 10), c(0, 10)))
marks(X) <- m
plot(X)
#then extract the nearest neighbours of each point in X:
nn <- nnwhich(X, k=1:4)
nn
#trying to add which.1 to data frame as a new column fails:
nn$nn1 <- nn$which.1
#I get this message: "Error in nn$which.1 : $ operator is invalid for atomic vectors"
#alternative way of extracting nearest 4 neighbours also produces error: "Sorry, not implemented when the marks are a data frame"
marktable(X, 4, )
plot(X, pch = 16, cols = "blue", size = 1)
plot(X)
#我应该补充一点，当只有一个标记时，上述方法是有效的。但是我可能会失去与其他变量的联系？
#我也很感激关于如何有意义地将最近邻列组合成一个可以代表物种组合的组的想法〜灰病 - 但这不仅仅是技术要点
您不能只将 nn 转换为数据框并将 cbind 转换为原始数据框吗？
cbind(df, as.data.frame(nn))
#> x y ashdis species which.1 which.2 which.3 which.4
#> 1 1 3 0.30 ash 2 3 4 5
#> 2 3 4 0.95 ash 3 1 4 5
#> 3 2 5 0.05 ash 2 1 7 8
#> 4 4 2 NA oak 5 2 9 1
#> 5 5 2 NA oak 4 10 9 2
#> 6 6 6 NA beech 9 10 7 2
#> 7 3 7 NA maple 8 3 2 6
#> 8 2 8 NA hickory 7 3 2 6
#> 9 6 4 NA hickory 10 6 5 4
#> 10 7 3 NA beech 9 5 4 6