在 R markdown 中安装 ggplot2 编织错误

Question

在尝试安装 GGplot 包后，当我尝试在 R 中编织我的文档时，我不断收到此错误。

错误出现在第 71 行，但第 71 行没有代码。当我在运行部分时，我在控制台中收到此消息：

trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/macosx/contrib/4.1/ggplot2_3.3.5.tgz'
Content type 'application/x-gzip' length 4125542 bytes (3.9 MB)
==================================================
downloaded 3.9 MB

The downloaded binary packages are in
    /var/folders/km/tr6lt7kx6h71d83606qh91hc0000gn/T//Rtmp4M6La0/downloaded_packages
RStudio Community is a great place to get help: https://community.rstudio.com/c/tidyverse

Answer 1

您收到的消息是由于 install.packages() 需要在运行非交互式时指定 CRAN 镜像，例如install.packages("ggplot2", repos = "https://cloud.r-project.org")为云镜。如果你从 REPL 运行它，它只会提示你 select 从列表中选择一个。

它在该行标记错误的原因是在编写 RMarkdown 文档时，错误消息通常指的是块，而不是特定的代码行。错误信息是指chunk的第一行代码，但不一定是错误发生的地方。

正如 Phil 在评论中提到的，在 Rmd 文档中包含 install.packages() 是不好的做法。最好的方法通常是在开头插入一个设置块，例如使用 {r setup, include = FALSE}，它将包含您需要加载的所有包（使用 library() 或 require()），让用户根据需要安装它们。这也避免了加载包的输出显示在 knitted 文档中。

如果您真的想要在您的文档中强制安装包，您可以使用 pacman 包中的 p_load()，但我不建议这样做无论如何在 Rmarkdown 文档中，因为如果失败可能很难追溯任何问题。

在 R markdown 中安装 ggplot2 编织错误

Installing ggplot2 knitting error in R markdown

r

r-markdown