Using tidy selection together with the survival package - "Error: promise already under evaluation"

Question

我正在编写一个 R 函数，允许用户在创建 survival::survfit 对象时指定一个单独的时间变量。 survival 包具有“无字符串”语法，这意味着时间变量的名称（在我的例子中为“dtime”）不需要任何引号：

survival::survfit(formula = survival::Surv(dtime, death) ~ 1, rotterdam)

因此，我想我可以使用 tidy evaluation 来达到我的目的。这是我的代码：

# My function
get_survfit <- function(.data, .time){
  return(survival::survfit(formula = survival::Surv({{ .time }}, status) ~ 1, .data))
}

# Application example
library(survival)
data(cancer)
rotterdam
colnames(rotterdam)[which(names(rotterdam) == "death")] = "status"
get_survfit(.data=rotterdam, .time=dtime)

但是，我总是遇到以下错误：

Error in in survival::Surv({ : object 'dtime' not found

在调试器中查看 'dtime' 时，我得到：

Error during wrapup : promise already under evaluation: recursive default argument reference or earlier problems?

如何解决此问题并仍然获得我的功能？

Answer 1

survfit() 不是一个整洁的 eval 函数，因此您在断章取意地使用 {{。参见 https://rlang.r-lib.org/reference/topic-inject-out-of-context.html。

相反，您需要使用 inject() 来启用从外部注入。由于 survfit() 不是整洁的 eval 函数，因此它不支持 {{ 创建的 quosures。所以你需要使用 !! 和 ensym().

get_survfit <- function(data, time) {
  time <- ensym(time)

  inject(
    survival::survfit(formula = survival::Surv(!!time, status) ~ 1, data)
  )
}

ensym() 确保传递简单的变量名，并消除它们。 !! 在公式中注入变量。

Answer 2

基于 Lionel Henry 的回答并受到的启发，我想补充一点，使用 enquo 和 get_expr 也可以达到相同的结果：

get_survfit <- function(.data, .time){
  .time = rlang::enquo(.time)
  .time = rlang::get_expr(.time)
  
  rlang::inject(
    return(survival::survfit(formula = survival::Surv(!!.time, status) ~ 1, .data))
  )
}

Using tidy selection together with the survival package - "Error: promise already under evaluation"

Using tidy selection together with the survival package - "Error: promise already under evaluation"

r

dplyr

survival

tidyeval